Contabilidade para e-commerce: guia completo para otimizar sua gestão

A contabilidade para e-commerce é uma prática fundamental para quem quer prosperar no ambiente digital.
Embora a operação de uma loja virtual pareça diferente de uma loja física, a necessidade da gestão fiscal e financeira é a mesma, e tão importante quanto. É a contabilidade que garante as operações de acordo com a legislação, por meio da correta apuração de impostos e entrega de declarações.
Mais do que isso, ela é uma grande aliada na gestão financeira, contribuindo diretamente para a saúde e o crescimento do seu negócio.
Neste guia você vai ver por que a contabilidade para e-commerce é indispensável para o sucesso da sua loja virtual, explicando como ela funciona na prática, quais benefícios pode trazer e como uma consultoria especializada pode simplificar sua vida.
- Por que o e-commerce precisa de contabilidade?
- Como funciona a contabilidade para e-commerce?
- Regimes tributários para e-commerce
- Impostos do e-commerce: ICMS, ISS, PIS/COFINS, IRPJ e CSLL
- Quais são as vantagens da contabilidade para e-commerce?
- Diferenciais e soluções da Agilize para o seu e-commerce
Principais pontos deste guia
- Descubra como formalizar sua loja: veja o passo a passo da abertura do seu CNPJ, a escolha do CNAE e a emissão de notas fiscais de forma correta.
- Otimize seus impostos: entenda as particularidades de impostos como ICMS e ISS no e-commerce e saiba qual regime tributário é o melhor para a sua empresa.
- Tenha controle total do negócio: aprenda a fazer a conciliação de vendas e a usar indicadores de performance para tomar decisões estratégicas.
- Conte com um parceiro especializado: conheça as vantagens da contabilidade online para e-commerce e como a Agilize pode te ajudar a reduzir custos e ter uma gestão mais eficiente.
Por que o e-commerce precisa de contabilidade?
Embora a operação de venda seja digital, as obrigações fiscais e financeiras ainda são analógicas digamos assim. O seu negócio precisa de contabilidade porque:
É uma exigência legal
Para a maioria dos e-commerces que atuam como Microempresa (ME), por exemplo, ter um contador responsável é uma exigência da lei. Ele é quem assina as declarações e apura os impostos, garantindo a conformidade da empresa com a legislação.
Garante a separação de finanças
Um dos erros mais comuns de quem está começando, seja com loja própria ou em um marketplace, é misturar as finanças pessoais (PF) e as da empresa (PJ). A contabilidade é a ferramenta que estabelece essa separação de forma clara, dando ao empreendedor uma visão real do lucro e do desempenho do negócio, sem confusão.
É uma ferramenta de gestão
A contabilidade vai muito além de apenas pagar impostos. Ela fornece dados essenciais para você tomar decisões estratégicas. O contador te ajuda a analisar a saúde financeira do negócio, a identificar oportunidades de crescimento e a planejar investimentos.
Protege o seu negócio
Erros na apuração de impostos e na entrega de declarações podem gerar multas pesadas e dores de cabeça com a Receita Federal. O apoio de um especialista em contabilidade para e-commerce minimiza esses riscos, protegendo seu negócio de problemas futuros.
Como funciona a contabilidade para e-commerce?
A contabilidade para e-commerce funciona como um motor que mantém sua loja virtual em pleno funcionamento. Em vez de lidar com a papelada, ela se integra aos sistemas digitais do seu negócio para garantir que, por trás de cada venda, todas as obrigações sejam cumpridas. É um fluxo de trabalho prático e essencial.
Abertura da empresa
O primeiro passo é formalizar seu negócio. Um contador especializado guiará você por toda a jornada, que inclui a escolha da natureza jurídica e do regime tributário, a definição do CNAE e a organização da documentação e dos prazos.
Você decide se será um MEI, ME, ou outro formato, e qual o regime de impostos (Simples Nacional, Lucro Presumido, etc.) será mais vantajoso.
Já o CNAE, ou Código Nacional de Atividades Econômicas, define sua atividade e influencia na tributação. Para e-commerce, os códigos mais comuns estão na seção de comércio varejista on-line, mas é fundamental confirmar com seu contador e com as normas do seu município e estado.
O contador cuida de toda a papelada, como o contrato social e os registros na Junta Comercial, Receita Federal e Prefeitura. Ele gerencia os prazos para que sua empresa seja aberta de forma ágil e sem dores de cabeça.
Emissão de notas fiscais
A nota fiscal é o comprovante da sua venda, e é o contador que garante a emissão correta, otimizando os impostos e evitando multas.
O CFOP (Código Fiscal de Operações e Prestações) e a NCM (Nomenclatura Comum do Mercosul), por sua vez, são códigos que identificam o tipo de operação e a mercadoria. Seu contador te ajuda a usar os códigos corretos para cada venda, o que é fundamental para a apuração de impostos.
No que diz respeito à venda em marketplace x loja própria, ao vender em marketplace como Magazine Luiza ou Mercado Livre, a plataforma pode fazer parte do processo, mas a responsabilidade pela nota fiscal continua sendo sua.
Ao vender na sua loja própria, a emissão é feita por meio de um sistema integrado à contabilidade.
Outro ponto importante: o arquivo XML da nota fiscal deve ser guardado por cinco anos para fins de fiscalização. A contabilidade online armazena esses arquivos de forma segura e digital para você.
Conciliação de vendas e meios de pagamento
A conciliação é a etapa de conferir se o dinheiro que entrou nas suas contas bancárias e nas suas maquininhas de cartão corresponde exatamente às vendas que foram feitas. Na contabilidade para e-commerce essa conciliação é ainda mais importante.
- Por pedido e por canal: seu contador concilia as vendas por pedido e por canal (marketplace, loja própria, redes sociais, etc.), e verifica os repasses dos gateways de pagamento. Isso garante que nenhum centavo se perca no meio do caminho.
- Impacto no caixa e DRE: uma conciliação precisa permite que a contabilidade tenha uma visão clara do seu fluxo de caixa e gere uma DRE (Demonstração do Resultado do Exercício) exata, o que é fundamental para entender a real lucratividade do seu negócio.
Rotinas trabalhistas
Se o seu e-commerce tiver funcionários (como em setores de picking/packing ou logística), a contabilidade para e-commerce se torna ainda mais importante para cuidar das rotinas trabalhistas.
- Cálculo da folha de pagamento: a contabilidade calcula os salários, férias, 13º e horas extras dos seus funcionários.
- Obrigações trabalhistas: a contabilidade garante que o eSocial e outras obrigações acessórias sejam enviadas corretamente e dentro do prazo, evitando multas e problemas com a Receita Federal.
- Checklist mensal: todos os meses a sua contabilidade online fará um checklist de rotinas trabalhistas, garantindo que tudo seja feito de forma organizada e segura.
Obrigações e relatórios
Além das obrigações do dia a dia, sua empresa precisa prestar contas ao fisco por meio de declarações e relatórios. Essas informações são a base para a sua contabilidade e para a precificação. Estas são algumas das obrigações mais importantes e suas periodicidades:
- SPED (Sistema Público de Escrituração Digital): relatórios que reúnem informações fiscais, contábeis e previdenciárias da empresa. Periodicidade mensal.
- DEFIS (Declaração de Informações Socioeconômicas e Fiscais): declaração anual para empresas do Simples Nacional.
- DCTFWeb (Declaração de Débitos e Créditos Tributários Federais Previdenciários e de Outras Entidades e Fundos): declaração mensal que informa à Receita Federal sobre as contribuições previdenciárias.
- GIA (Guia de Informação e Apuração do ICMS): declaração mensal para empresas do regime normal que pagam ICMS.
- eSocial: declaração mensal que unifica as informações trabalhistas e previdenciárias.
Regimes tributários para e-commerce
A escolha do regime tributário define como sua loja virtual vai pagar impostos e tem um impacto direto nos custos, na sua margem de lucro e na competitividade.
Para fazer a escolha certa, você precisa considerar alguns critérios, como faturamento, margem de lucro, tipo de produto (se está sujeito a Substituição Tributária) e os custos com folha de pagamento.
Simples Nacional para e-commerce
De modo geral, o Simples Nacional é o regime mais vantajoso para a maioria dos e-commerces que estão começando ou que faturam até R$ 4,8 milhões por ano.
Isso acontece porque ele é um regime simplificado, com um volume menor de obrigações e alíquotas de imposto, que podem ser pagas em uma única guia (o DAS).
O e-commerce, como comércio, se enquadra no Anexo I do Simples Nacional. O ICMS, imposto que incide sobre a circulação de mercadorias, é pago dentro do DAS, o que facilita a vida do empreendedor.
No entanto, o Simples Nacional pode perder sua competitividade quando a sua loja virtual vende produtos com Substituição Tributária (ICMS-ST).
Nesses casos, o ICMS já foi recolhido antecipadamente, mas você continua pagando o imposto dentro do DAS, o que pode gerar bitributação e fazer você pagar mais imposto do que deveria.
Outro ponto é que, em alguns casos, com uma margem de lucro muito alta, o Lucro Presumido pode se tornar uma opção mais vantajosa.
Lucro Presumido para e-commerce
O Lucro Presumido é o regime para empresas que faturam até R$78 milhões por ano e pode ser uma opção interessante para e-commerces que já passaram do limite do Simples Nacional ou que têm uma margem de lucro alta.
Nesse regime a Receita Federal presume que sua empresa tem uma porcentagem de lucro (por exemplo, 8% para comércio). Os impostos federais (IRPJ e CSLL) são calculados sobre essa presunção de lucro.
É importante notar que, no Lucro Presumido, o PIS e a Cofins são cumulativos, ou seja, você paga impostos sobre o seu faturamento, mas não pode aproveitar créditos de impostos pagos nas compras de insumos e produtos.
Por conta disso, esse regime costuma valer a pena para e-commerces com margens de lucro altas, que conseguem absorver os custos de impostos sem prejudicar a rentabilidade.
Lucro Real para e-commerce
O Lucro Real é o regime obrigatório para empresas que faturam mais de R$78 milhões por ano, mas pode ser a melhor opção para e-commerces menores em cenários específicos.
Aqui, os impostos (IRPJ e CSLL) são calculados sobre o lucro líquido real da empresa, ou seja, sobre a receita menos todas as despesas dedutíveis.
Ele é muito vantajoso para e-commerces que operam com margens de lucro muito apertadas, ou que têm um volume de estoque e despesas operacionais tão altos que chegam a ter prejuízo fiscal.
No Lucro Real os impostos PIS e Cofins são não-cumulativos, o que significa que sua empresa tem um amplo direito a créditos sobre as compras de insumos e serviços.
Qual desses regimes é o melhor?
A verdade é que não existe uma resposta única para essa pergunta. A melhor escolha de regime tributário para o e-commerce depende de uma análise detalhada. Para te ajudar a entender, vamos usar 3 exemplos:
Exemplo 1: o e-commerce que está começando. Fatura até R$4,8 milhões/ano, tem uma margem de lucro boa e não trabalha com ICMS-ST. O Simples Nacional é a escolha ideal, porque a simplicidade e a carga tributária menor garantem tranquilidade no início do negócio.
Exemplo 2: o e-commerce que vende produtos com ICMS-ST ou tem margem alta. Fatura até R$ 78 milhões/ano, mas vende produtos que já têm ICMS recolhido na fonte ou tem um lucro líquido muito acima da presunção de lucro. O Lucro Presumido pode ser a opção mais vantajosa, pois a tributação sobre o faturamento é mais clara e, em alguns casos, mais econômica.
Exemplo 3: o e-commerce que opera com margem apertada. Tem um alto volume de vendas, mas sua margem de lucro é muito baixa. Nesses casos, o Lucro Real pode ser a melhor opção, pois a empresa paga impostos apenas sobre o lucro líquido.
Para fazer a melhor escolha você deve levantar todos os fatores do seu negócio e contar com o apoio de um contador, que fará as simulações e te orientará para que você pague o mínimo de imposto justo.
Impostos do e-commerce: ICMS, ISS, PIS/COFINS, IRPJ e CSLL

Para quem tem uma loja virtual a apuração de impostos pode ser uma rotina complexa. O valor a ser pago depende do regime tributário escolhido, do tipo de produto ou serviço e de onde o cliente está. Separar cada tributo e entender como ele funciona é fundamental para evitar erros.
ICMS (DIFAL e Substituição Tributária)
O Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS) é um imposto estadual que incide sobre a maioria dos produtos que você vende. É um dos pontos que mais geram dúvidas e burocracia, especialmente para quem vende para outros estados.
O ICMS interno é cobrado nas vendas dentro do mesmo estado. Já o ICMS interestadual é cobrado nas vendas para outros estados, e é aqui que entra o DIFAL (Diferencial de Alíquota).
O DIFAL é a diferença entre a alíquota de ICMS do estado de origem e a do estado de destino, que deve ser recolhida na venda para o consumidor final, garantindo que o imposto seja pago no local de destino da mercadoria.
Já o ICMS-ST (Substituição Tributária) é uma regra na qual o imposto de toda a cadeia produtiva (do fabricante ao varejo) é pago de uma só vez pelo primeiro elo.
É um ponto de atenção para quem opta pelo Simples Nacional, porque pode gerar bitributação e prejuízos se não for gerenciado corretamente.
Se você vende em um marketplace, a plataforma pode auxiliar no cálculo do DIFAL e em outras obrigações fiscais, mas a responsabilidade do recolhimento ainda é sua.
Já em uma loja própria, a sua contabilidade é quem deve cuidar de todas essas apurações e recolhimentos.
ISS em serviços e comissões de marketplace
O Imposto Sobre Serviços (ISS) é um imposto municipal que incide sobre a prestação de serviços. Para o e-commerce, ele se aplica em duas situações principais.
A primeira é se sua loja virtual vende produtos digitais, software (SaaS) ou serviços, e a segunda é sobre a comissão que você paga ao marketplace por vender seu produto na plataforma.
Muitos empreendedores confundem a venda de produtos (que é ICMS) com o serviço que o marketplace presta.
A comissão que você paga ao marketplace, por exemplo, é considerada um serviço, e por isso incide o ISS.
Outros serviços digitais, como fulfillment (serviço de estoque e entrega) ou publicidade, também são tributados pelo ISS. As alíquotas variam de 2% a 5%, dependendo do município.
PIS/COFINS
O PIS (Programa de Integração Social) e a Cofins (Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social) são contribuições federais que incidem sobre o faturamento.
O modo como eles são calculados muda drasticamente conforme o regime tributário da sua empresa. No regime cumulativo (Lucro Presumido), as alíquotas de PIS e Cofins são menores (0,65% e 3,00%), mas você paga sobre a receita bruta e não pode aproveitar créditos de impostos pagos nas suas compras.
Já no regime não cumulativo (Lucro Real), as alíquotas são maiores (1,65% e 7,6%), mas você pode aproveitar créditos de impostos pagos sobre a maioria dos seus custos e despesas, o que pode ser muito vantajoso para empresas com altas margens.
IRPJ e CSLL
O Imposto de Renda Pessoa Jurídica (IRPJ) e a Contribuição Social Sobre o Lucro Líquido (CSLL) são impostos federais sobre o lucro da sua empresa.
No Lucro Presumido a base de cálculo para o IRPJ e a CSLL é uma porcentagem presumida do seu faturamento (8% para comércio, por exemplo). No Lucro Real a base de cálculo é o lucro líquido contábil da sua empresa.
A alíquota de IRPJ é de 15% sobre o lucro, com adicional de 10% para lucros acima de R$ 20 mil mensais. Já a alíquota da CSLL é de 9%.
A escolha do regime tributário define como sua loja virtual vai pagar impostos e tem um impacto direto nos custos, na sua margem de lucro e na competitividade.
Para fazer a escolha certa você precisa considerar alguns critérios, como faturamento, margem de lucro, tipo de produto (se está sujeito a Substituição Tributária) e os custos com folha de pagamento.
Quais são as vantagens da contabilidade para e-commerce?
Optar por uma contabilidade para e-commerce é uma escolha inteligente que traz uma série de benefícios práticos para a saúde e o crescimento da sua loja virtual.
Mais do que apurar impostos, uma contabilidade especializada se torna uma parceira estratégica para a gestão do seu negócio.
Maior controle financeiro
Uma boa contabilidade é sua principal ferramenta de gestão. Ela te dá dados reais sobre o cenário financeiro e econômico do seu e-commerce, ajudando você a analisar custos, prever receitas e ter um controle mais rigoroso sobre o fluxo de caixa.
Relatórios como a DRE (Demonstração do Resultado do Exercício) e balanços detalhados te dão uma visão clara da lucratividade.
Facilidade para acessar documentos
A contabilidade simplifica a sua rotina e te dá total autonomia. Você tem facilidade para acessar documentos importantes, como notas fiscais e balanços, que são armazenados em uma plataforma digital e segura.
Essa praticidade permite que você demonstre o valor dos seus números para bancos e fintechs, o que pode te ajudar a conseguir um rating de crédito melhor para o seu negócio.
Pagamentos sempre em dia
Com a contabilidade online os pagamentos de impostos, taxas e obrigações acessórias são automatizados.
O sistema te envia lembretes e guias prontas para pagamento, evitando atrasos, juros e multas que podem custar caro e prejudicar a saúde financeira do seu e-commerce.
Praticidade na elaboração da escrituração contábil
A escrituração contábil, um processo que reúne todos os dados de movimentação da sua empresa, se torna um processo prático e digital.
A contabilidade online facilita o envio e o armazenamento de todos os documentos necessários, garantindo que sua empresa esteja em dia com o fisco e sem a necessidade de pilhas de papel.
Indicadores de performance para o seu e-commerce
A contabilidade para e-commerce, além de apurar impostos, fornece dados valiosos para a sua estratégia. Com relatórios claros, você tem acesso a indicadores de performance essenciais para a sua loja virtual.
KPI | O que é? | Por que é importante? |
Ticket médio | Valor médio gasto por cliente em cada compra. | Ajuda a entender o comportamento de consumo e a criar estratégias de venda. |
Giro de estoque | Número de vezes que o estoque é renovado em um período. | Indica a eficiência das vendas e a necessidade de investimento em produtos. |
DRE por canal de venda | Demonstração do Resultado do Exercício detalhada por canal (loja própria, marketplace, etc.). | Mostra qual canal é mais rentável para o seu e-commerce. |
CMV (Custo da Mercadoria Vendida) | Quanto sua empresa gastou com produtos que vendeu. | Essencial para calcular o lucro bruto e para a precificação correta. |
Redução de custos tributários (planejamento e compliance)
O planejamento tributário é uma das maiores vantagens da contabilidade para e-commerce. Um contador especializado sabe como otimizar sua carga tributária, garantindo que sua empresa pague o mínimo de imposto justo, dentro da lei. Ele atua de forma consultiva, propondo estratégias como:
- Análise do regime tributário: simular cenários para ver se o Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real é a melhor opção para a sua loja virtual.
- Gestão de ICMS-ST: ajudar a gerenciar a Substituição Tributária para evitar a bitributação e garantir o recolhimento correto.
- Revisão de precificação: sugerir ajustes na precificação dos seus produtos para otimizar sua margem de lucro com base nos impostos.
Diferenciais e soluções da Agilize para o seu e-commerce
A Agilize foi a primeira contabilidade online do Brasil e se tornou especialista em e-commerce. Entendemos os desafios do seu nicho e oferecemos um suporte completo e integrado.
- Planos e serviços: temos planos e preços que se adequam a cada fase da sua empresa, desde quem está começando até negócios que já faturam alto, com um excelente custo-benefício.
- Integrações com ERPs e marketplace: a plataforma se conecta a sistemas de gestão e marketplace para automatizar a emissão de notas fiscais, a conciliação de vendas e o cálculo de impostos, economizando seu tempo.
- Atendimento por porte e segmento: nosso suporte é humanizado e especializado. Atendemos desde o MEI ao e-commerce de grande porte, com um time que entende as particularidades do seu nicho.
- Migração de contabilidade: se você já tem uma contabilidade, a Agilize também oferece o serviço de migração, cuidando de todo o processo de forma simples e segura, sem interrupção para a sua loja.
Passo a passo para contratar a Agilize
Para quem quer começar ou migrar a contabilidade para a Agilize, o processo é simples e transparente:
- Faça um orçamento: entre em contato para receber uma proposta personalizada para o seu negócio.
- Envie os documentos: a equipe guiará você sobre a documentação necessária e o envio será feito de forma totalmente digital.
- Deixe a burocracia com a gente: após a contratação, nossos contadores cuidam de todo o processo de abertura, migração e da gestão mensal, para que você possa focar no que realmente importa.
Depois de tudo que vimos ficou claro que a contabilidade para e-commerce é muito mais do que uma exigência legal; é uma ferramenta estratégica para o crescimento da sua loja virtual.
No universo digital, onde você precisa se dedicar a cada detalhe, uma gestão especializada faz a diferença entre um negócio que apenas sobrevive e um que realmente prospera.
É aqui que a Agilize entra para ser sua parceira. Como pioneira em contabilidade online no Brasil e especialista em e-commerce, nós entendemos a sua rotina e cuidamos de toda a burocracia, das complexidades fiscais e da gestão financeira do seu negócio.
Deixe a apuração de impostos e a emissão de notas fiscais com a gente. Assim, você tem a tranquilidade para focar no que importa de fato: seus produtos, clientes e o crescimento da sua loja.
