Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize
Principais lições deste artigo
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Médicos PJ enquadrados como ME ou EPP no Simples Nacional têm obrigação de emitir NFS-e e não podem atuar com CNPJ como MEI.
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A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP do Simples Nacional passam a emitir NFS-e exclusivamente pelo Emissor Nacional.
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Informar a alíquota efetiva de ISS e declarar a condição de optante do Simples Nacional reduz o risco de retenções indevidas de ISS e IRRF.
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Preencher corretamente os dados do tomador, guardar o XML e registrar as notas na DMED diminui a chance de glosas e multas.
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Pré-requisitos para emitir NFS-e
Emitir NFS-e como médico PJ exige alguns cadastros e acessos básicos.
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CNPJ ativo como ME ou EPP no Simples Nacional
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Inscrição Municipal (CCM) ativa na prefeitura do município do prestador
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Certificado digital e-CNPJ A1 ou A3 para acesso ao Emissor Nacional da NFS-e
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Senha de acesso ao Portal do Contribuinte ou ao Emissor Web Nacional
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Dados completos do tomador: razão social, CNPJ ou CPF, endereço e e-mail
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CNAE correto da atividade médica cadastrado no CNPJ
Com esses itens prontos, o fluxo de emissão segue as etapas abaixo.
Passo a passo para emitir NFS-e
Passo 1 – Acessar o Emissor Nacional da NFS-e
O primeiro passo é acessar o Portal do Contribuinte da NFS-e Nacional e fazer login com o certificado digital e-CNPJ ou com usuário e senha cadastrados. A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP do Simples Nacional passam a emitir exclusivamente pelo Emissor Nacional, pela aplicação web ou por integração via API.
Passo 2 – Conferir os dados do prestador
O segundo passo é conferir se os dados do prestador estão corretos: razão social, CNPJ, endereço do estabelecimento e regime tributário como Simples Nacional. O sistema costuma identificar automaticamente esse enquadramento.
Dica prática: se o sistema não reconhecer o CNPJ como optante do Simples Nacional, consulte a situação no Portal do Simples Nacional antes de continuar. Dados desatualizados aumentam o risco de retenções indevidas.
Erro comum: informar o endereço residencial no lugar do endereço do estabelecimento prestador. O município do prestador define a competência do ISS na maior parte dos serviços médicos.
Passo 3 – Informar os dados do tomador
O terceiro passo é preencher CNPJ ou CPF, razão social ou nome completo, endereço e e-mail do tomador, que pode ser hospital, convênio ou paciente. Dados incorretos do tomador representam a principal causa de glosas em convênios médicos.
Passo 4 – Descrever o serviço e informar o valor
O quarto passo é descrever o serviço prestado com clareza, por exemplo, consulta médica ou procedimento ambulatorial, e informar o valor bruto. Incluir o número do contrato ou da guia do convênio, quando existir, facilita a conciliação e reduz glosas.
Dica prática: declarar na NFS-e ou em documento anexo que a empresa é optante do Simples Nacional reduz o risco de retenção indevida. Sem essa declaração, o tomador pode reter IRRF de 1,5%, mesmo quando existe dispensa dessa retenção para optantes do Simples Nacional.
Erro comum: deixar de informar a alíquota efetiva de ISS. Quando o prestador do Simples Nacional não informa a alíquota efetiva de ISS na NFS-e, o tomador é obrigado a reter aplicando a alíquota máxima de 5%, o que gera prejuízo financeiro imediato.
Passo 5 – Configurar as retenções corretamente
O quinto passo é configurar as retenções, que costuma ser o ponto mais sensível para médicos PJ no Simples Nacional. Cada tributo segue uma lógica própria, e entender os três reduz o risco de retenções indevidas.
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IRRF: empresas optantes pelo Simples Nacional não sofrem retenção de IRRF de 1,5% nem de CSRF de 4,65% quando enviam declaração ao tomador do serviço, pois esses tributos já compõem o DAS. Essa dispensa só se aplica se a empresa declarar a condição de optante na nota ou em documento separado.
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ISS: o ISS pode ser retido pelo tomador conforme a legislação municipal, mesmo para optantes do Simples Nacional. Diferentemente do IRRF, a retenção de ISS é comum em serviços médicos. Informar a alíquota efetiva de ISS calculada pelo PGDAS-D evita retenção pela alíquota máxima de 5%.
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INSS: a retenção de INSS pode ocorrer em situações específicas de cessão de mão de obra ou empreitada. Por fim, vale consultar o contador para verificar se a atividade se enquadra nessas hipóteses.
Passo 6 – Transmitir a nota e guardar o comprovante
O sexto passo é revisar todos os campos, transmitir a NFS-e e salvar o XML e o DANFSe, que é o documento auxiliar. Enviar a nota ao tomador logo após a autorização agiliza o recebimento. Manter os arquivos organizados por competência facilita o preenchimento da DMED e o atendimento a eventuais auditorias.
Solução de problemas: quando a nota é rejeitada, o primeiro ponto a conferir é o código do serviço conforme a lista municipal e a situação cadastral do CNPJ do tomador. Erros nesses campos representam as causas mais frequentes de rejeição no Emissor Nacional.
Como saber se deu certo?
A emissão atinge o objetivo quando alguns sinais aparecem de forma consistente.
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A NFS-e recebe número de série e aparece com status “autorizada” no sistema
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O tomador não registra glosa por dados incorretos ou falta de informações obrigatórias
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As retenções aplicadas seguem a legislação municipal e federal vigente
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O valor recebido de pessoas físicas fica registrado para alimentar a DMED até o último dia útil de fevereiro do ano seguinte
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O XML da nota permanece arquivado e disponível para importação no sistema contábil
Confirme se sua emissão está correta com a Agilize Contabilidade.
Dicas avançadas para médicos PJ
Além do processo básico de emissão, três pontos merecem atenção especial: variações municipais, integração com o sistema contábil e impacto do CNAE e do Fator R na tributação.
Variações por município
Cada prefeitura define regras próprias de retenção de ISS, código de serviço e campos obrigatórios. O que vale em São Paulo pode ser diferente no Rio de Janeiro ou em Belo Horizonte. A padronização nacional da NFS-e mantém a competência municipal sobre o ISSQN, e os municípios continuam definindo alíquotas, benefícios locais e retenções complementares.
Importação de NFS-e no sistema contábil
A integração da emissão com a contabilidade reduz retrabalho e erros de digitação. A Agilize Contabilidade oferece importação de notas fiscais diretamente na plataforma, o que elimina o lançamento manual. Esse processo garante que cada nota emitida seja conciliada automaticamente com o faturamento declarado no Simples Nacional.
CNAE e Fator R
O CNAE correto da atividade médica define em qual anexo do Simples Nacional a empresa será tributada. Médicos no Simples Nacional são tributados pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6%, quando o Fator R é igual ou superior a 28%, ou pelo Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%, quando o Fator R é inferior a 28%. O Fator R é calculado mensalmente como a razão entre a folha de pagamento e a receita bruta dos últimos 12 meses. A Agilize Contabilidade realiza esse cálculo de forma automática para aplicar a alíquota correta.
Prazo da NFS-e Nacional: 1º de novembro de 2026
A Resolução CGSN nº 191, de 4 de agosto de 2026, tornou obrigatória a emissão da NFS-e de padrão nacional pelas ME e EPP optantes pelo Simples Nacional a partir de 1º de novembro de 2026. Até 31 de dezembro de 2026, as regras de CBS e IBS ainda não se aplicam a essas empresas, e a mudança recai apenas sobre a obrigatoriedade de emissão pelo Emissor Nacional. A partir de 1º de janeiro de 2027, passam a valer as disposições relativas à CBS e ao IBS para optantes do Simples Nacional.
Perguntas frequentes sobre emissão de NFS-e para médicos PJ
Médico pode ser MEI?
Não. Medicina é profissão regulamentada que exige formação superior e registro no CRM. Por isso, médicos que atuam como pessoa jurídica precisam se enquadrar como ME ou EPP e manter contabilidade regular.
O que é a DMED e quando preciso entregá-la?
A DMED é a declaração anual enviada à Receita Federal com os pagamentos recebidos por prestadoras de serviços de saúde. O prazo costuma ser definido em ato normativo, como 27 de fevereiro de 2026 para a DMED 2026. A transmissão exige certificado digital e-CNPJ. O atraso ou a omissão na entrega da DMED pode gerar multa de R$ 5.000,00 por mês-calendário ou fração para pessoas jurídicas. Cada NFS-e emitida para paciente particular precisa ser registrada para compor a DMED corretamente.
Como funciona a retenção de ISS para médico PJ no Simples Nacional?
O ISS pode ser retido pelo tomador, como hospital, convênio ou outra pessoa jurídica, mesmo quando o prestador é optante do Simples Nacional, conforme a legislação do município onde o serviço é prestado. A chave está em informar na NFS-e a alíquota efetiva de ISS calculada pelo PGDAS-D com base na receita bruta acumulada. Caso essa informação não conste na nota, o tomador tende a aplicar o teto de 5%, como detalhado no passo 5.
Preciso reter IRRF na NFS-e como médico PJ no Simples Nacional?
Não. Como optante do Simples Nacional, a empresa fica dispensada da retenção de IRRF de 1,5% e de CSRF de 4,65%, pois esses tributos já compõem o DAS. Para garantir a dispensa, vale declarar a condição de optante na NFS-e ou em documento separado, seguindo a orientação explicada no passo 5.
O que muda com a NFS-e Nacional obrigatória a partir de novembro de 2026?
A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP optantes pelo Simples Nacional passam a emitir NFS-e exclusivamente pelo Emissor Nacional, via aplicação web ou integração por API. Entre novembro e dezembro de 2026, apenas o emissor muda, e as regras tributárias do Simples Nacional permanecem. A partir de janeiro de 2027, entram em vigor as regras de CBS e IBS para esses contribuintes, como detalhado na seção sobre o prazo da NFS-e Nacional.
Conclusão: simplificar a contabilidade para focar na prática médica
Emitir NFS-e corretamente como médico PJ no Simples Nacional exige atenção a pontos específicos: acesso ao Emissor Nacional, dados corretos do tomador, alíquota efetiva de ISS, declaração de optante do Simples Nacional para evitar retenções indevidas e registro adequado para a DMED. Com a obrigatoriedade do padrão nacional a partir de 1º de novembro de 2026, organizar essa rotina agora evita ajustes de última hora.
A Agilize Contabilidade assume a rotina contábil da empresa, com emissão e importação de notas fiscais, apuração de impostos, cálculo automático do Fator R, cumprimento de obrigações acessórias e outras tarefas do dia a dia. Dessa forma, você direciona o tempo para os pacientes e para o crescimento da prática médica.
Deixe a rotina contábil com quem entende: fale com a Agilize Contabilidade.
