Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize
Principais lições deste artigo
-
ME e EPP do Simples Nacional precisam emitir nota fiscal eletrônica em todas as vendas de mercadorias e prestações de serviços. A falta de emissão pode gerar autuação e exclusão do regime.
-
A escolha entre NFS-e e NF-e depende da natureza da operação: serviços sujeitos ao ISS exigem NFS-e, venda de mercadorias sujeitas ao ICMS exige NF-e.
-
Antes de emitir qualquer nota, a empresa precisa ter CNPJ ativo, Inscrição Municipal ou Estadual, certificado digital ICP-Brasil e credenciamento no portal correto.
-
Após a emissão, o registro das notas na contabilidade é obrigatório para que o DAS seja calculado corretamente e todas as obrigações acessórias sejam cumpridas.
-
Para garantir conformidade e reduzir erros, vale contar com o suporte especializado da Agilize Contabilidade: conheça as condições exclusivas e fale com um especialista.
Por que emitir nota fiscal é essencial para sua empresa ME ou EPP?
A nota fiscal eletrônica registra oficialmente cada operação comercial ou de serviço da empresa. Sem esse registro, a receita não entra no cálculo do DAS, imposto mensal do Simples Nacional, o que configura omissão de receita e aumenta o risco de autuação fiscal e exclusão do regime.

A legislação empresarial exige escrituração contábil regular para ME e EPP. Essa exigência torna obrigatória a contratação de um contador, profissional habilitado para registrar corretamente cada nota emitida, calcular o Fator R no prazo certo quando a atividade estiver sujeita a essa regra e entregar todas as obrigações acessórias sem atraso.
NFS-e ou NF-e: qual nota sua empresa deve emitir?
A natureza da operação define o tipo de nota. Emitir o documento errado é uma das principais causas de autuações fiscais em ME e EPP, porque deixa ISS ou ICMS sem cobertura.
A tabela a seguir resume as diferenças essenciais entre NFS-e e NF-e para facilitar a identificação do documento correto em cada situação:
|
Critério |
NFS-e (Nota Fiscal de Serviços Eletrônica) |
NF-e (Nota Fiscal Eletrônica, modelo 55) |
|---|---|---|
|
Tipo de operação |
Prestação de serviços sujeita ao ISS |
Venda de mercadorias sujeita ao ICMS |
|
Órgão autorizador |
Prefeitura municipal ou Emissor Nacional a partir de setembro de 2026 |
SEFAZ estadual |
|
Certificado digital |
Obrigatório para ME e EPP, MEI pode usar Gov.br |
Obrigatório, e-CNPJ A1 ou A3, ICP-Brasil |
|
Imposto principal |
ISS entre 2% e 5%, conforme município e LC 116/2003 |
ICMS com alíquota estadual |
Empresas com atividades mistas, como venda de produto com instalação, precisam emitir os dois documentos na mesma operação.
Pré-requisitos obrigatórios para ME e EPP
Emitir nota fiscal eletrônica exige alguns requisitos mínimos. Esses itens garantem que a empresa esteja regularizada e apta a acessar os portais de emissão.
Os principais pré-requisitos são:
-
CNPJ ativo na Receita Federal
-
Inscrição Municipal ativa para NFS-e ou Inscrição Estadual ativa na SEFAZ para NF-e
-
Certificado digital e-CNPJ A1 ou A3, padrão ICP-Brasil, obrigatório para ME e EPP em ambos os tipos de nota
-
Credenciamento no portal municipal ou no Emissor Nacional da NFS-e para serviços, ou credenciamento na SEFAZ estadual para produtos
-
Contador registrado no CRC, obrigatório por lei para ME e EPP
O certificado digital tem validade jurídica equivalente à assinatura manuscrita, conforme a Medida Provisória 2.200-2/2001 e a Lei 14.063/2020. Sem esse certificado, a NF-e não tem validade e a NFS-e nacional não pode ser emitida por ME e EPP.
Precisa de ajuda para obter o certificado digital e fazer o credenciamento sem erros: fale com um especialista da Agilize Contabilidade.
Visão macro do fluxo em 5 etapas
O processo de emissão de nota fiscal eletrônica para ME e EPP pode ser organizado em cinco etapas práticas.
-
Verificar CNAE e regime tributário, etapa que o empreendedor pode fazer com apoio do contador
-
Obter certificado digital e realizar o credenciamento, etapa que costuma exigir suporte especializado para escolher o portal correto
-
Acessar o portal correto e configurar o emissor, etapa que pede configuração técnica alinhada ao regime
-
Preencher e emitir a nota fiscal, etapa executada pelo empreendedor, com validação dos parâmetros pelo contador
-
Registrar a nota e integrar com as obrigações do Simples Nacional, etapa contábil obrigatória, realizada pelo contador
Passo 1: verifique seu CNAE e regime tributário
Objetivo
Definir qual tipo de nota a empresa deve emitir e em qual anexo do Simples Nacional a atividade se enquadra.
Ações
-
Acessar o cartão CNPJ no portal da Receita Federal e identificar o CNAE principal e os secundários.
-
Consultar a tabela de anexos do Simples Nacional para verificar se a atividade está no Anexo I, de comércio, ou nos Anexos III, IV ou V, de serviços.
-
Confirmar com o contador se a atividade gera ISS, ICMS ou ambos, pois essa definição orienta qual nota emitir.
Resultado esperado
Definição clara se a empresa emite NFS-e, NF-e ou os dois documentos, e qual alíquota de imposto incide sobre cada tipo de operação.
Passo 2: obtenha certificado digital e realize o credenciamento
Objetivo
Habilitar a empresa para assinar digitalmente as notas fiscais e acessar os portais de emissão.
Ações para NFS-e
-
Adquirir um e-CNPJ A1 ou A3 em uma Autoridade Certificadora credenciada pela ICP-Brasil.
-
Acessar o portal municipal da cidade ou o Emissor Nacional em gov.br/nfse e solicitar o credenciamento com o CNPJ e a Inscrição Municipal.
-
Verificar se o município exige envio de formulário por e-mail ou protocolo online e seguir o procedimento descrito no site da prefeitura.
Ações para NF-e
-
Obter a Inscrição Estadual ativa na SEFAZ do estado.
-
Solicitar o credenciamento para emissão de NF-e na SEFAZ estadual e realizar os testes de integração exigidos.
Resultado esperado
Empresa credenciada e com certificado digital válido, pronta para emitir notas no ambiente de produção.
Passo 3: acesse o portal correto e configure o emissor
Objetivo
Configurar o sistema de emissão com os parâmetros corretos para o Simples Nacional.
Ações
-
Para NFS-e, acessar o Emissor Nacional em gov.br/nfse com o e-CNPJ, selecionar o perfil “Optante, Microempresa ou Empresa de Pequeno Porte (ME/EPP)” e o regime de apuração “Regime de apuração dos tributos federais e municipal pelo Simples Nacional”.
-
Para NF-e, configurar o emissor homologado pela SEFAZ com o Código de Regime Tributário correto para o Simples Nacional.
-
Definir a série da nota. No Emissor Nacional com e-CNPJ, a série deve estar entre 1 e 49.999.
Resultado esperado
Emissor configurado corretamente, com menor risco de rejeição por parâmetros incorretos de regime tributário.
Passo 4: preencha e emita a nota fiscal
Objetivo
Gerar o documento fiscal com todas as informações obrigatórias e transmiti-lo ao órgão autorizador.
Ações
-
Informar os dados do tomador, como CNPJ ou CPF, razão social e endereço.
-
Descrever o serviço ou produto com clareza. Descrições genéricas geram retrabalho e podem bloquear a transmissão.
-
Informar o valor da operação e verificar se há retenção de ISS pelo tomador. A marcação incorreta de retenção é um dos erros mais críticos para empresas do Simples Nacional.
-
Transmitir a nota e guardar os livros obrigatórios e comprovantes até que ocorra a prescrição dos créditos tributários, conforme o parágrafo único do artigo 195 do CTN.
Resultado esperado
Nota fiscal autorizada, com número e chave de acesso válidos, entregue ao tomador.

Passo 5: registre a nota e integre com as obrigações do Simples Nacional
Objetivo
Incluir cada nota emitida no cálculo do DAS e nas obrigações acessórias do período.
Ações
-
Informar ao contador todas as notas emitidas no mês para lançamento na escrituração contábil.
-
Permitir que o contador apure o DAS com base na receita bruta do período, aplicando o anexo e a alíquota efetiva corretos.
-
Para atividades sujeitas ao Fator R, acompanhar a verificação mensal da relação entre folha de pagamento e receita bruta dos últimos 12 meses, que define se a empresa permanece no Anexo III ou migra para o Anexo V.
-
Arquivar os arquivos XML e os DANFSe ou DANFe para eventual fiscalização.
Resultado esperado
DAS calculado corretamente, obrigações acessórias entregues no prazo e CNPJ regular.

Garanta que suas notas sejam registradas da forma correta e que o DAS saia sem surpresas: conte com o suporte da Agilize Contabilidade.
Erros comuns e como evitá-los
Alguns erros se repetem na rotina de emissão de notas por ME e EPP e podem ser evitados com ajustes simples.
-
Usar o portal errado: após a migração para o Emissor Nacional, muitas empresas continuam usando o portal municipal. A partir de 1º de setembro de 2026, ME e EPP optantes pelo Simples Nacional precisam emitir NFS-e exclusivamente pelo Emissor Nacional, conforme a Resolução CGSN nº 189/2026.
-
Não testar integração do sistema: vale verificar se o ERP ou sistema de emissão já está integrado via API com a SEFIN Nacional. Empresas e escritórios contábeis ganham tempo quando fazem essa checagem com antecedência.
-
Deixar o certificado expirar: certificado digital expirado ou incompatível é causa frequente de rejeição de NFS-e. A recomendação é acompanhar a data de validade do e-CNPJ e renovar antes do vencimento.
-
Selecionar regime tributário incorreto: escolher o regime errado no Emissor Nacional gera o código de erro E0615 e bloqueia a transmissão da NFS-e para ME e EPP no Simples Nacional.
-
Preencher campos indevidos de IBS e CBS: em 2026, notas fiscais emitidas por empresas do Simples Nacional passam por ajustes relacionados aos campos de IBS e CBS da Reforma Tributária. A obrigatoriedade de preenchimento desses campos em documentos fiscais eletrônicos começa em 3 de agosto de 2026. Manter o sistema atualizado reduz o risco de preenchimento indevido.
-
Repetir tentativas em caso de instabilidade: instabilidades no Portal Nacional durante o período de migração da Reforma Tributária são esperadas. A orientação é aguardar alguns minutos antes de tentar novamente, sem enviar múltiplas tentativas simultâneas.
Tabela: resumo do processo por tipo de nota no Simples Nacional
O resumo abaixo ajuda a visualizar, em um só lugar, qual portal usar e como cada tipo de nota se conecta ao DAS.
|
Tipo de nota |
Operação |
Portal de emissão a partir de setembro de 2026 |
Imposto recolhido no DAS |
|---|---|---|---|
|
NFS-e |
Prestação de serviços com ISS |
Emissor Nacional, gov.br/nfse |
Sim, ISS incluso no DAS para ME e EPP no Simples |
|
NF-e, modelo 55 |
Venda de mercadorias com ICMS |
SEFAZ estadual, emissor homologado |
Sim, ICMS incluso no DAS até o sublimite de R$ 3,6 milhões |
|
NFS-e e NF-e |
Operação mista, serviço e produto |
Ambos os portais |
Sim, conforme a receita de cada operação |
Como saber se deu certo?
Alguns sinais mostram que o processo de emissão e registro das notas está funcionando como deveria.
-
A nota fiscal possui número, série e chave de acesso válidos, com autorização do órgão competente.
-
O CNPJ aparece como regular nas consultas da Receita Federal e da prefeitura.
-
O DAS do mês foi gerado com base na receita bruta que inclui todas as notas emitidas.
-
Não há notas rejeitadas ou pendentes de transmissão no sistema emissor.
-
As guias de ISS e ICMS, quando aplicáveis acima do sublimite, estão pagas dentro do prazo.
Dicas avançadas e próximos passos
Obrigatoriedade do Emissor Nacional a partir de setembro de 2026: ME e EPP optantes pelo Simples Nacional precisam migrar para o Emissor Nacional da NFS-e até 1º de setembro de 2026, conforme a Resolução CGSN nº 189/2026. A obrigação também alcança empresas com adesão ao Simples Nacional pendente ou em discussão administrativa.
Fator R e impacto nas alíquotas: para empresas de serviços enquadradas nos Anexos III e V, o Fator R define automaticamente o anexo correto em cada período. Quando a folha de pagamento, incluindo pró-labore, representa 28% ou mais da receita bruta dos últimos 12 meses, a empresa é tributada pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6%. Abaixo desse percentual, aplica-se o Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%. O cálculo é mensal e automático, não depende de escolha do empreendedor.
Sublimite de ICMS e ISS: empresas que ultrapassam R$ 3,6 milhões de receita bruta anual deixam de recolher ICMS e ISS de forma unificada no DAS e passam a recolher esses tributos separadamente.
Reforma Tributária: a padronização da NFS-e nacional integra as medidas preparatórias para a Reforma Tributária no Simples Nacional, que inclui a futura incorporação de campos para IBS e CBS nas notas fiscais a partir de 2027.
Para entender como sua atividade se enquadra nos anexos do Simples Nacional e quais obrigações fiscais se aplicam ao seu CNPJ, vale consultar um especialista contábil.
Perguntas frequentes sobre emitir nota fiscal eletrônica PJ
ME e EPP são obrigadas a emitir nota fiscal eletrônica
Microempresas e empresas de pequeno porte optantes pelo Simples Nacional são obrigadas a emitir nota fiscal eletrônica em todas as operações de venda de mercadorias ou prestação de serviços para pessoas jurídicas. A emissão para pessoa física também é obrigatória em muitos casos, conforme a atividade e a legislação estadual ou municipal aplicável. A ausência de nota fiscal configura omissão de receita e pode resultar em autuação fiscal e exclusão do Simples Nacional.
Diferença entre NFS-e e NF-e para empresas do Simples Nacional
A NFS-e, Nota Fiscal de Serviços Eletrônica, é emitida por empresas prestadoras de serviços e está sujeita ao ISS, tributo municipal. A NF-e, Nota Fiscal Eletrônica modelo 55, é emitida por empresas que vendem mercadorias e está sujeita ao ICMS, tributo estadual. Para ME e EPP no Simples Nacional, ambos os impostos são recolhidos dentro do DAS, mas cada tipo de nota é autorizado por um órgão diferente. A NFS-e é autorizada pelo município ou pelo Emissor Nacional a partir de setembro de 2026, e a NF-e é autorizada pela SEFAZ estadual. Emitir o tipo errado deixa um dos tributos sem recolhimento e gera risco de autuação.
Data de início da obrigatoriedade do Emissor Nacional para ME e EPP
A obrigatoriedade do Emissor Nacional da NFS-e para ME e EPP optantes pelo Simples Nacional começa em 1º de setembro de 2026, conforme a Resolução CGSN nº 189/2026, publicada no Diário Oficial da União em 28 de abril de 2026. A regra vale para todas as operações sujeitas ao ISS e também para empresas com adesão ao Simples Nacional pendente ou em discussão administrativa. A emissão pode ser feita pelo portal web do Emissor Nacional ou por ERP integrado via API com a SEFIN Nacional.
Impacto do Fator R na emissão de notas fiscais
O Fator R não altera o passo a passo de emissão da nota fiscal, mas influencia diretamente o valor do imposto recolhido. Para empresas de serviços enquadradas nos Anexos III e V do Simples Nacional, o Fator R define qual anexo se aplica em cada período de apuração, com base na relação entre folha de pagamento, incluindo pró-labore, e receita bruta dos últimos 12 meses. Se o resultado for igual ou superior a 28%, a empresa é tributada pelo Anexo III. Abaixo desse percentual, aplica-se o Anexo V. Como a receita bruta é composta pelas notas fiscais emitidas, qualquer erro na emissão ou omissão de notas afeta o cálculo do Fator R e, por consequência, a alíquota do DAS.
Possibilidade de emitir nota fiscal sem contador
Para ME e EPP, a contratação de um contador é obrigatória por lei, porque a legislação empresarial exige escrituração contábil regular para essas categorias. O empreendedor pode acessar o portal e preencher os dados da nota, mas a configuração correta dos parâmetros fiscais, o cálculo do DAS, a entrega das obrigações acessórias e a integração das notas com a contabilidade da empresa são responsabilidades do contador. Operar sem esse suporte aumenta o risco de erros de enquadramento, cálculo incorreto de impostos e exclusão do Simples Nacional.
Conclusão: mantenha seu CNPJ regular e foque no crescimento
Emitir nota fiscal eletrônica corretamente envolve cinco etapas: verificar CNAE e regime, obter certificado digital e credenciamento, configurar o emissor, preencher e transmitir a nota e integrar tudo com as obrigações do Simples Nacional. Cada etapa influencia a regularidade do CNPJ e o valor do DAS.
Para ME e EPP, esse processo exige acompanhamento técnico. A Agilize Contabilidade cuida de toda a rotina contábil da empresa, como emissão, importação e cancelamento de notas fiscais, cálculo automático do Fator R quando aplicável, apuração do DAS e entrega de obrigações acessórias, com atendimento online por especialistas.
Com mais de 13 anos de experiência e mais de 50 mil empreendedores atendidos em todo o Brasil, a Agilize Contabilidade mantém a empresa em dia para que o empreendedor possa focar no crescimento do negócio.
Mantenha seu CNPJ regular e aproveite condições exclusivas de contabilidade online: fale com um especialista da Agilize Contabilidade.