Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize
Principais lições deste artigo
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Médicos nunca puderam ser MEI. A atividade médica é vedada pela Lei Complementar 123/2006 e exige migração imediata para ME.
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O desenquadramento do MEI é obrigatório e deve ser solicitado no Portal do Empreendedor assim que a irregularidade for identificada.
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A escolha do tipo jurídico, como a SLU, e do regime tributário, como Anexo III ou V via Fator R, impacta diretamente a alíquota inicial do Simples Nacional.
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Além do CNPJ, é obrigatório registrar a empresa na Junta Comercial, obter alvará, inscrição municipal e inscrição no CRM estadual.
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Pré-requisitos e visão geral do fluxo
Reunir os documentos e acessos certos agiliza todo o processo de abertura da ME.
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RG e CPF do médico titular
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Comprovante de residência atualizado
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Diploma de graduação em medicina e registro no CRM estadual
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Extrato de faturamento do CNPJ como MEI (se houver)
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Acesso ao Portal do Empreendedor e ao e-CAC da Receita Federal
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Endereço comercial para registro da empresa
O fluxo geral envolve cinco etapas. Você solicita o desenquadramento do MEI, escolhe o tipo jurídico e o regime tributário, registra a empresa na Junta Comercial, inscreve a empresa no CRM e contrata a contabilidade obrigatória. A legislação empresarial exige escrituração contábil regular para ME, e contar com um contador é obrigatório desde o início das operações.
O cenário legislativo pode mudar, mas hoje a regra continua clara. O PLP 60/2025, em tramitação no Senado, propõe elevar o limite do MEI para R$ 140.000 anuais, mas ainda não foi aprovado. Em julho de 2026, a Comissão de Direitos Humanos do Senado aprovou a SUG 3/2026, que propõe um regime chamado Microempreendedor Profissional (MEP) para profissionais liberais, com alíquota fixa de 6% sobre a receita bruta mensal. Nenhuma dessas propostas está em vigor. A regra atual continua sendo a migração para ME.
Passo 1 – Verifique se você já ultrapassou o limite e solicite o desenquadramento
Médicos não podem atuar como MEI, mesmo dentro do limite de R$ 81.000 por ano. A atividade médica é vedada por lei, e isso torna o desenquadramento imediato e obrigatório, independentemente do faturamento.
Para solicitar o desenquadramento, acesse o Portal do Empreendedor e selecione a opção “Desenquadramento do MEI”. O sistema gera automaticamente o pedido junto à Receita Federal. Após o desenquadramento, o CNPJ passa a exigir contabilidade obrigatória e o recolhimento de impostos pelo regime tributário escolhido.
Você pode entender o processo em mais detalhes no conteúdo sobre desenquadramento MEI no blog da Agilize Contabilidade.
Passo 2 – Escolha o tipo jurídico e o regime tributário ideal
Definir o tipo jurídico correto protege o patrimônio pessoal e evita retrabalho. Para médicos que atuam sozinhos, sem sócios, a Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) costuma ser uma opção vantajosa. A SLU protege o patrimônio pessoal do titular e dispensa a necessidade de um segundo sócio. Lembre-se: SLU é um tipo societário, e ME é um porte empresarial. Uma empresa pode ser, ao mesmo tempo, uma SLU de porte ME.
Escolher o regime tributário adequado reduz a carga de impostos desde o início. No Simples Nacional, a atividade médica se enquadra nos anexos do Simples Nacional III ou V, dependendo do Fator R. O Fator R compara a folha de pagamento, incluindo pró-labore, com a receita bruta dos últimos 12 meses:
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Quando a folha representa 28% ou mais da receita bruta, a empresa é tributada pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6,0%.
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Quando a folha representa menos de 28%, aplica-se o Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%.
O Fator R não é uma escolha. O cálculo ocorre automaticamente a cada período com base nos dados reais da empresa. Definir corretamente o pró-labore desde o início é uma decisão estratégica relevante. Para comparar o Simples Nacional com o Lucro Presumido, consulte o artigo Simples Nacional ou Lucro Presumido.
Passo 3 – Registre a empresa na Junta Comercial e obtenha o CNPJ
Com o tipo jurídico e o regime tributário definidos, você está pronto para formalizar a empresa. O próximo passo é registrar a empresa na Junta Comercial do seu estado. O processo inclui a elaboração do contrato social ou ato constitutivo, o pagamento da taxa de registro e o envio da documentação.
Os custos variam por estado. A taxa de registro na Junta Comercial para uma SLU costuma ficar entre R$ 200 e R$ 500, dependendo da unidade federativa. O CNPJ é registrado gratuitamente junto à Receita Federal após a aprovação do registro estadual. O prazo médio para obter o CNPJ após o registro na Junta Comercial é de menos de 48 horas nos estados com processo totalmente digital.
Depois do CNPJ, você precisa obter o alvará de funcionamento na prefeitura e a inscrição municipal para emissão de notas fiscais de serviço, a NFS-e. O prazo total para operacionalizar a empresa ME, incluindo alvará e inscrição municipal, costuma ser de 30 a 45 dias quando um contador experiente conduz o processo.
Você pode se aprofundar em como abrir uma microempresa e em quanto custa abrir uma empresa.
Passo 4 – Realize a inscrição no CRM e demais órgãos
Registrar a pessoa jurídica no CRM é obrigatório para prestar serviços médicos via empresa. Médicos que atuam via pessoa jurídica precisam registrar a empresa no Conselho Regional de Medicina do estado onde a atividade será exercida.
O processo varia por estado, mas em geral exige:
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Contrato social ou ato constitutivo registrado na Junta Comercial
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CNPJ ativo
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Comprovante de inscrição municipal
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Indicação de um diretor técnico com registro no CRM e, conforme a Resolução CFM 2007/2013, com título de especialidade registrado no conselho
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Pagamento da taxa de inscrição e anuidade proporcional
O CREMERJ processa pedidos de inscrição de pessoas jurídicas médicas após o cumprimento de todos os requisitos documentais e financeiros. Pendências documentais devem ser regularizadas o quanto antes para evitar o arquivamento automático do pedido. Consulte o CRM do seu estado para verificar os requisitos específicos.
Passo 5 – Contrate a contabilidade obrigatória para ME
Manter uma contabilidade ativa é exigência legal para ME e também reduz riscos fiscais. A partir do momento em que a empresa é registrada como ME, a escrituração contábil regular passa a ser obrigatória por lei. Isso inclui apuração de impostos, entrega de declarações e obrigações fiscais acessórias. Essas tarefas exigem um contador registrado no CRC.
A Agilize Contabilidade cuida de toda a contabilidade da sua empresa. O time realiza cálculo de impostos, folha de pagamento, declarações, guias e relatórios. O médico não precisa se preocupar com prazos fiscais, cálculo de DAS ou obrigações acessórias. Você acompanha tudo em tempo real pelo painel online e conta com suporte via chat, e-mail e WhatsApp das 8h às 18h.
O plano Basic para serviços inclui contabilidade completa, certificado digital E-CNPJ A1, painel contábil, gestão de RH para até 3 pessoas, Fator R automático e integração bancária. Para médicos que precisam de um especialista dedicado e atendimento estendido até as 21h, o plano Unique oferece ainda consultoria contábil especializada e declaração de IRPF dos sócios sem custo adicional.
Conte com a Agilize Contabilidade para cuidar de toda a contabilidade da sua ME.
Dicas práticas para cada etapa
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Desenquadramento: guarde o comprovante do pedido de desenquadramento e acompanhe o status no e-CAC. O CNPJ como MEI não pode emitir notas fiscais de serviços médicos após o desenquadramento.
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Tipo jurídico: defina o endereço comercial antes de iniciar o registro. Esse endereço consta no contrato social e é difícil de alterar sem custo adicional.
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Junta Comercial: verifique se o seu estado oferece registro digital pelo sistema Redesim, o que reduz o prazo de aprovação.
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CRM: inicie o processo de inscrição da pessoa jurídica no CRM assim que o CNPJ for emitido. O prazo de até 30 dias úteis pode impactar o início das operações.
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Contabilidade: contrate o contador antes de emitir a primeira nota fiscal como ME. A escolha do regime tributário e do CNAE correto impacta diretamente o valor dos impostos desde o primeiro mês.
Erros comuns e como evitar
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Continuar emitindo notas como MEI após o desenquadramento: essa prática gera irregularidade fiscal e pode resultar em autuação. Após o desenquadramento, todas as notas devem ser emitidas pelo novo CNPJ como ME.
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Escolher o CNAE errado: o CNAE define o anexo do Simples Nacional e as alíquotas aplicáveis. Um CNAE incompatível com a atividade médica pode gerar recolhimento incorreto de impostos. Saiba mais sobre o que é CNAE.
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Não registrar a empresa no CRM antes de atender pacientes via PJ: a ausência de registro pode configurar exercício irregular da medicina como pessoa jurídica.
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Ignorar o pró-labore na definição do Fator R: um pró-labore muito baixo pode manter a empresa no Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%, quando ela poderia estar no Anexo III, com alíquota inicial de 6,0%.
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Abrir a empresa sem contador: a escrituração contábil é obrigatória para ME desde o primeiro mês de operação. Iniciar sem contador gera passivo fiscal e dificulta a regularização posterior.
Como saber se deu certo?
A migração está concluída quando todos os critérios abaixo são atendidos.
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CNPJ como MEI cancelado ou desenquadrado no sistema da Receita Federal
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Novo CNPJ como ME ativo no Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica
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Alvará de funcionamento emitido pela prefeitura
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Inscrição municipal ativa para emissão de NFS-e
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Empresa inscrita no CRM estadual
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Contabilidade ativa com apuração do primeiro DAS como ME
Alguns sinais de alerta indicam pendências. Situação “inapta” ou “suspensa” do CNPJ no site da Receita Federal, ausência de guia DAS gerada no mês de abertura ou notificação do CRM sobre documentação incompleta exigem atenção imediata.
Dicas avançadas e próximos passos
Com a empresa regularizada, decisões do dia a dia passam a influenciar diretamente a carga tributária e o fluxo de caixa.
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Fator R automático: garantir o cálculo correto do Fator R evita tributação pelo anexo errado e pagamento de imposto acima do necessário. A Agilize Contabilidade calcula o Fator R automaticamente a cada período e enquadra a empresa no anexo correto sem que o médico precise acompanhar manualmente.
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Crescimento de faturamento: ME pode faturar até R$ 360 mil por ano. Ao se aproximar desse limite, é necessário avaliar a migração para EPP, com teto de R$ 4,8 milhões, ou a mudança de regime tributário.
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Lucro Presumido: para médicos com faturamento elevado ou estrutura de custos específica, o Lucro Presumido pode ser uma opção vantajosa. A carga nesse regime costuma variar entre 13% e 17%, dependendo do ISS municipal. Um especialista consegue simular cenários e indicar o regime mais econômico.
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Obrigações fiscais recorrentes: conhecer as obrigações fiscais e os impostos para ME ajuda a acompanhar o que sua contabilidade precisa entregar mensalmente.
Fale com um especialista para avaliar qual regime tributário reduz sua carga fiscal.
FAQ
Médico pode ser MEI?
Não. A medicina é uma atividade intelectual regulamentada, vedada pela legislação do MEI. Médicos que precisam atuar como pessoa jurídica devem abrir uma ME ou EPP, com contabilidade obrigatória desde o primeiro mês de operação.
Qual é o prazo para fazer o desenquadramento do MEI após descobrir que a atividade é vedada?
O desenquadramento deve ser solicitado imediatamente após a constatação da irregularidade. Não há prazo de carência. Quanto mais tempo a empresa permanecer enquadrada como MEI exercendo atividade vedada, maior o risco de autuação fiscal e de irregularidade perante o CRM. O prazo de regularização de eventuais débitos varia conforme o auto de infração e a legislação aplicável.
O que é o Fator R e como ele afeta os impostos do médico no Simples Nacional?
O Fator R é o percentual que representa a folha de pagamento, incluindo pró-labore, em relação à receita bruta dos últimos 12 meses. Quando esse percentual atinge 28% ou mais, a empresa é tributada pelo Anexo III, que tem alíquota inicial menor. Abaixo de 28%, aplica-se o Anexo V, que tem alíquota inicial maior. Como explicado no Passo 2, essa diferença pode representar uma carga tributária inicial de 6,0% versus 15,5%. O Fator R não é uma escolha do empresário. O cálculo ocorre automaticamente com base nos dados reais de cada período, e a definição do pró-labore impacta diretamente esse resultado.
A inscrição da empresa no CRM é obrigatória para médicos que atuam via pessoa jurídica?
Sim. Toda pessoa jurídica que presta serviços médicos precisa estar inscrita no Conselho Regional de Medicina do estado onde atua. O processo exige documentação da empresa, indicação de um diretor técnico com registro no CRM e pagamento de taxa de inscrição e anuidade proporcional. Atender pacientes via PJ sem essa inscrição pode configurar exercício irregular da medicina como pessoa jurídica.
A Agilize Contabilidade cuida de todo o processo de abertura da ME?
Sim. A Agilize Contabilidade realiza todo o processo de abertura da empresa: desde a consultoria para escolha do regime tributário e do CNAE correto até o registro na Junta Comercial e a obtenção do CNPJ. Para clientes que contratam o plano anual, a abertura é realizada com isenção de honorários. Você paga apenas as taxas obrigatórias dos órgãos públicos. Após a abertura, a Agilize Contabilidade assume toda a contabilidade da sua ME, incluindo apuração de impostos, declarações, folha de pagamento e Fator R automático.
Conclusão
Abrir ME para médico ex-MEI envolve cinco etapas claras. Você precisa fazer o desenquadramento, escolher o tipo jurídico e o regime tributário, registrar a empresa na Junta Comercial, inscrever a empresa no CRM e contratar a contabilidade obrigatória. Cada etapa tem prazos, documentos e decisões que impactam diretamente a regularidade fiscal e o valor dos impostos pagos.
Manter a contabilidade em dia garante que o médico pague exatamente o que deve, sem multas e sem surpresas, e libera tempo para focar na medicina. A Agilize Contabilidade cuida de toda a burocracia contábil da sua ME, do primeiro DAS à declaração anual, com tecnologia, especialistas registrados no CRC e atendimento reconhecido como RA1000 no Reclame Aqui.
Regularize sua ME com o suporte de especialistas registrados no CRC.
