Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize
Principais lições deste artigo
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Médicos não podem ser MEI e precisam abrir CNPJ como ME ou EPP, com contador obrigatório desde o início.
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O processo completo envolve cinco etapas: escolha do tipo societário e regime tributário, registro na Junta Comercial, inscrição na Receita Federal, alvará na prefeitura e registro no CRM-PJ.
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A escolha entre Simples Nacional e Lucro Presumido depende do faturamento, do pró-labore e da folha de pagamento, e o Fator R define a alíquota no Simples.
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Documentos como CRM ativo, alvará de funcionamento e alvará sanitário são obrigatórios para registrar a PJ no Conselho Regional de Medicina.
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Para abrir seu CNPJ médico com segurança e suporte contábil especializado, fale com um especialista da Agilize Contabilidade.
Pré-requisitos para abrir CNPJ para médico
O processo começa com a organização de documentos pessoais e da futura empresa, além do cumprimento das exigências mínimas dos órgãos de registro.
Documentos pessoais e da empresa
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CPF regular, sem pendências na Receita Federal
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RG ou outro documento de identificação com foto
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Comprovante de residência atualizado
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Inscrição ativa no Conselho Regional de Medicina (CRM) da UF de atuação
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E-mail e telefone válidos
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Definição do CNAE de atividade médica compatível com a operação real
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Valor e forma de integralização do capital social
Para LTDA ou SLU, tipos societários mais comuns para médicos
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Contrato social ou Requerimento de Empresário com dados completos de todos os sócios, como CPF, RG, estado civil e regime de bens se casado
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Endereço da sede com CEP validado
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Indicação do administrador e definição dos poderes de administração
Sobre o CRM-PJ
O registro da pessoa jurídica no Conselho Regional de Medicina é obrigatório para empresas que prestam serviços médicos ou intermediam assistência à saúde, conforme Lei nº 6.839/1980 e Resolução CFM nº 1.980/2011. Esse registro ocorre depois da obtenção do CNPJ e do alvará municipal.
Contador: obrigação legal
A legislação empresarial exige escrituração contábil regular para ME e EPP. O contador é obrigatório desde a abertura, pois a lei determina a presença desse profissional. Médicos que tentam conduzir o processo sem suporte contábil especializado ficam expostos a erros de enquadramento tributário, escolha incorreta de CNAE e irregularidades que geram multas.
Visão macro: as 5 etapas principais
Com os pré-requisitos organizados, o médico consegue enxergar o fluxo completo de abertura do CNPJ. O processo segue cinco etapas sequenciais, e cada uma depende da conclusão correta da anterior.
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Escolha do tipo societário e regime tributário
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Registro na Junta Comercial
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Inscrição na Receita Federal
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Alvará na prefeitura
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Registro no CRM-PJ
Passo 1: escolha do tipo societário e regime tributário
Objetivo: definir a estrutura jurídica e fiscal da empresa antes de qualquer registro formal.
Tipo societário
Para médicos que atuam individualmente, a Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) é uma das opções mais indicadas, pois dispensa sócio e separa o patrimônio pessoal do patrimônio empresarial. Para médicos que desejam constituir sociedade com outros profissionais, a LTDA costuma ser o caminho mais usado. É importante esclarecer que SLU e EI são tipos societários, enquanto ME e EPP são portes empresariais, conceitos distintos que frequentemente geram confusão.
Regime tributário
A escolha entre Simples Nacional ou Lucro Presumido depende do faturamento projetado, da estrutura de pró-labore e da folha de pagamento. No Simples Nacional, o Fator R determina em qual dos anexos do Simples Nacional a empresa será enquadrada. Se a folha, que inclui pró-labore, salários, FGTS e encargos previdenciários, dos últimos 12 meses representar 28% ou mais da receita bruta do mesmo período, a empresa é tributada pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6,00%. Se ficar abaixo de 28%, a empresa é tributada pelo Anexo V, com alíquota inicial de 15,50%. No Lucro Presumido, a carga tributária costuma variar entre aproximadamente 13,33% e 16,33%, dependendo do ISS municipal, e não há limite de faturamento anual equivalente ao teto do Simples. Nenhum regime é sempre mais econômico, por isso a escolha correta exige simulação com contador.
Resultado esperado: contrato social ou requerimento redigido e revisado pelo contador, com tipo societário, CNAE, capital social e regime tributário definidos.
Passo 2: registro na Junta Comercial
Objetivo: registrar formalmente a empresa no órgão estadual competente e obter o NIRE, Número de Identificação do Registro de Empresas.
Ações necessárias
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Acessar o portal da Junta Comercial do estado, muitas vezes integrado ao Redesim, ou utilizar o sistema integrado de abertura de empresas
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Enviar o contrato social ou requerimento assinado digitalmente
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Pagar a taxa estadual correspondente
As taxas variam por estado. Para registro de LTDA, os valores são R$ 360,00 na Bahia, na constituição, e R$ 122,45 no Paraná, no contrato social, sem confirmação dos valores alegados para MG e RJ nas evidências.
Resultado esperado: NIRE emitido e contrato social registrado, o que habilita a próxima etapa na Receita Federal.
Dicas práticas, erros comuns e solução de problemas (passos 1 e 2)
Dicas
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Revisar o contrato social com o contador antes de protocolar, pois erros de redação geram rejeição e atraso
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Confirmar que o CNAE escolhido é compatível com a atividade real, já que erros nessa escolha podem gerar problemas tributários futuros
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Verificar se o CPF de todos os sócios está regular na Receita Federal antes de iniciar o processo
Erros comuns
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Escolher o regime tributário sem simulação. Médicos com folha enxuta que optam pelo Simples Nacional sem calcular o Fator R podem pagar alíquotas do Anexo V, de 15,50%, em vez do Anexo III, de 6,00%
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Confundir porte, como ME ou EPP, com tipo societário, como SLU ou LTDA
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Tentar abrir CNPJ como MEI, já que a atividade médica não é permitida nessa modalidade
Passo 3: inscrição na Receita Federal
Objetivo: obter o CNPJ junto à Receita Federal do Brasil.
Ações necessárias
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Acessar o portal da Receita Federal ou o sistema integrado Redesim, disponível em muitos estados
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Preencher o formulário de inscrição com dados da empresa, dos sócios, do CNAE e do endereço
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Informar o regime tributário escolhido
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Aguardar a emissão do Comprovante de Inscrição e de Situação Cadastral, o cartão CNPJ
A partir de 31 de julho de 2026, a Receita Federal adota o novo formato alfanumérico de CNPJ para novas inscrições. CNPJs numéricos existentes permanecem válidos e não precisam de atualização. Para novos registros, não há taxa governamental associada ao CNPJ em si.
Resultado esperado: CNPJ ativo com situação cadastral “Ativa” no portal da Receita Federal.
Passo 4: alvará na prefeitura
Objetivo: obter o alvará de funcionamento, licença municipal, e, quando exigido, o alvará sanitário da Vigilância Sanitária.
Ações necessárias
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Protocolar o pedido de alvará de funcionamento na prefeitura do município onde a empresa operará
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Apresentar CNPJ, contrato social registrado, comprovante de endereço comercial e documentos do responsável técnico
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Para consultórios e clínicas, solicitar o alvará sanitário junto à Vigilância Sanitária estadual ou municipal, com planta baixa aprovada, laudo técnico de engenheiro ou arquiteto e comprovação de adequação às normas da RDC 50 da Anvisa
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Obter a inscrição municipal, CCM, para emissão de NFS-e
Resultado esperado: alvará de funcionamento emitido, inscrição municipal ativa e, quando aplicável, alvará sanitário em mãos, documentos indispensáveis para o registro no CRM-PJ.
Dicas práticas, erros comuns e solução de problemas (passos 3 e 4)
Dicas
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Verificar antecipadamente quais documentos a prefeitura do município exige, pois cada cidade tem requisitos específicos
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Iniciar o processo do alvará sanitário assim que o CNPJ for emitido, já que o prazo de análise costuma ser mais longo
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Guardar todos os protocolos, que funcionam como comprovante provisório enquanto os documentos definitivos não são emitidos
Erros comuns
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Iniciar atendimentos antes de obter o alvará, o que gera irregularidade e pode resultar em autuação
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Deixar de solicitar a inscrição municipal, o que impede a empresa de emitir NFS-e
Passo 5: registro no CRM-PJ
Objetivo: registrar a pessoa jurídica no Conselho Regional de Medicina da UF de atuação e habilitar a empresa a prestar serviços médicos de forma regular.
Ações necessárias
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Acessar o portal CRM Virtual do estado correspondente
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Fazer o pré-cadastro eletrônico da pessoa jurídica pelo login de CPF ou CRM do Diretor Técnico da empresa
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Fazer upload dos documentos exigidos, como contrato social registrado na Junta Comercial, comprovante de CNPJ atualizado, alvará de funcionamento ou protocolo, alvará sanitário da Vigilância Sanitária ou protocolo e Termo de Responsabilidade Técnica assinado
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Pagar as taxas do CRM estadual
Taxas de referência em 2026
Os valores variam por estado. No CRM-MG, as taxas para 2026 incluem taxa de análise, taxa de emissão de certificado e anuidade escalonada pelo capital social, conforme Resolução CFM 2.447/2025. Empresas com no máximo dois sócios, sendo um médico, que realizam apenas atividades médicas sem exames complementares, sem filiais e sem contratar terceiros, podem solicitar desconto de 80% sobre a taxa de análise. No CRM-BA, há taxa de inscrição de pessoa jurídica e taxa de expedição de carteira para 2026.
Resultado esperado: após o pagamento das taxas, o CRM analisa o pedido e o Certificado de Regularidade fica disponível online depois da aprovação.
Dicas práticas, erros comuns e solução de problemas (passo 5)
Dicas
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Verificar se o Diretor Técnico está em situação regular no CRM antes de iniciar o processo, pois pendências financeiras bloqueiam o registro da PJ
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Respeitar o limite de até dois estabelecimentos de saúde por Diretor Técnico, conforme Resolução CFM 2.147/2016
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Guardar o Certificado de Regularidade do CRM-PJ, já que hospitais, operadoras e planos de saúde exigem esse documento para credenciamento
Erros comuns
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Protocolar o pedido no CRM sem o alvará sanitário, o que leva à rejeição ou suspensão do processo
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Deixar de renovar a anuidade do CRM-PJ, o que torna a empresa irregular e pode resultar no cancelamento do certificado
Como saber se deu certo?
O processo de abertura do CNPJ médico termina quando a empresa cumpre todos os critérios abaixo.
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CNPJ com situação cadastral “Ativa” no portal da Receita Federal
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Inscrição municipal, CCM, ativa na prefeitura, habilitando a emissão de NFS-e
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Alvará de funcionamento e, quando aplicável, alvará sanitário emitidos
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Certificado de Regularidade do CRM-PJ emitido e válido
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Primeira guia de impostos, DAS ou DARF conforme o regime tributário, gerada e paga dentro do prazo
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Escrituração contábil iniciada pelo contador responsável
Dicas avançadas para médicos
Médicos plantonistas
Para o médico plantonista que presta serviços a hospitais e clínicas por CNPJ, a SLU costuma ser uma das estruturas mais adequadas, pois dispensa sócio e simplifica a gestão. O CNAE precisa refletir a atividade real praticada. O Fator R ganha relevância nesse perfil, já que manter o pró-labore em patamar adequado em relação ao faturamento pode garantir o enquadramento no Anexo III do Simples Nacional, com alíquota inicial de 6,00%, em vez do Anexo V, com 15,50%.
SLU versus EI
A SLU oferece separação patrimonial entre bens pessoais e bens empresariais, condição que o Empresário Individual, EI, não proporciona. Para atividades médicas, a SLU costuma ser preferida justamente por essa proteção patrimonial.
Obrigações acessórias no Simples Nacional
Empresas no Simples Nacional têm obrigações acessórias específicas. Entender os anexos do Simples Nacional e o funcionamento do Fator R é fundamental para garantir o pagamento da alíquota correta em cada período. Esse cálculo é feito de forma automática pela Agilize Contabilidade para seus clientes.
Perguntas frequentes
Médico pode ser MEI?
Não. A atividade médica não é permitida na modalidade MEI. Médicos que desejam atuar como pessoa jurídica precisam abrir uma ME ou EPP, com contador obrigatório desde o início.
Qual o tipo societário mais indicado para médicos que atuam individualmente?
A Sociedade Limitada Unipessoal, SLU, é uma das opções mais recomendadas para médicos que atuam sem sócios. Essa estrutura dispensa a necessidade de um segundo sócio e separa o patrimônio pessoal do patrimônio empresarial, o que oferece proteção patrimonial. A decisão final deve ser tomada com o contador, considerando a realidade de cada profissional.
O que é o Fator R e como ele afeta o imposto do médico no Simples Nacional?
O Fator R é o resultado da divisão entre a folha de pagamento dos últimos 12 meses, que inclui pró-labore, salários, FGTS e encargos previdenciários, e a receita bruta do mesmo período. Se o resultado for igual ou superior a 28%, a empresa é tributada pelo Anexo III do Simples Nacional, com alíquota inicial de 6,00%. Se ficar abaixo de 28%, a empresa é tributada pelo Anexo V, com alíquota inicial de 15,50%. O Fator R não é uma escolha do contribuinte, pois ele define automaticamente o anexo correto em cada período de apuração.
Quanto tempo leva para abrir um CNPJ médico?
O prazo total varia conforme o estado e o município. O registro na Junta Comercial e a emissão do CNPJ costumam ocorrer em poucos dias úteis quando a documentação está correta. O alvará sanitário pode levar semanas, dependendo da Vigilância Sanitária local. O CRM-PJ tem prazo de análise de até 30 dias após o pagamento das taxas, e o Certificado de Regularidade costuma ficar disponível entre 24 e 48 horas depois da aprovação. No total, o processo completo pode levar de algumas semanas a alguns meses.
A Agilize Contabilidade cuida de todo o processo de abertura do CNPJ médico?
A Agilize Contabilidade cuida de toda a parte contábil e burocrática do processo de abertura de empresa, incluindo definição do regime tributário, escolha do CNAE, elaboração do contrato social e registro nos órgãos competentes. O processo é 100% online, com isenção de honorários na abertura para clientes que contratam o plano anual. As taxas públicas obrigatórias, como Junta Comercial, CRM e prefeitura, são pagas diretamente pelo cliente. Depois da abertura, a Agilize Contabilidade assume a contabilidade completa da empresa.
Conclusão
A abertura de um CNPJ médico em 2026 segue um fluxo claro de cinco etapas: escolha do tipo societário e do regime tributário, registro na Junta Comercial, inscrição na Receita Federal, obtenção do alvará na prefeitura e registro no CRM-PJ. Cada etapa tem documentos específicos, taxas e prazos que variam por estado, e erros em qualquer fase geram atrasos, multas e irregularidades que comprometem o exercício da atividade.
Manter a contabilidade em dia depois da abertura é tão importante quanto o processo de formalização. Obrigações acessórias, apuração correta do Fator R, emissão de NFS-e e recolhimento de impostos dentro do prazo exigem suporte contábil especializado e contínuo.
A Agilize Contabilidade cuida de toda a contabilidade da empresa médica, da abertura às obrigações mensais, para que o médico possa focar no atendimento aos pacientes.
Fale com um especialista da Agilize Contabilidade e comece agora a formalização do seu CNPJ médico.
