Como abrir CNPJ para médico em 2026: passo a passo

Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize

Principais lições deste artigo

• Médicos não podem ser MEI porque a profissão é regulamentada pelo CRM e exige estrutura de Microempresa (ME) ou EPP com tipo societário SLU ou LTDA.

• Escolher o CNAE correto, definir o regime tributário (Simples Nacional ou Lucro Presumido) e acompanhar mensalmente o Fator R reduz a carga tributária.

• O processo de abertura envolve cinco etapas: definição de CNAE e tipo societário, registro na Junta via REDESIM, inscrição municipal, alvará de funcionamento e registro da PJ no CRM.

• Os documentos obrigatórios incluem RG, CPF, CRM, comprovantes de residência e endereço comercial, além do contrato social elaborado por um contador.

• Para abrir seu CNPJ com segurança e menos burocracia, conte com a Agilize Contabilidade: fale com um especialista agora.

Por que médico não pode ser MEI?

A medicina é uma profissão regulamentada, vinculada ao Conselho Regional de Medicina (CRM). Profissões que exigem registro em conselho de classe ficam automaticamente fora do MEI, porque suas atividades não constam na lista oficial de ocupações permitidas pelo regime. Tentar enquadrar a atividade médica no MEI com um CNAE genérico gera desenquadramento, irregularidade e cobrança retroativa de impostos.

Uma estrutura comum para o médico que atua sozinho é ter uma Microempresa (ME) com tipo societário SLU (Sociedade Limitada Unipessoal), que protege o patrimônio pessoal e não exige um segundo sócio. A escolha entre ME e EPP depende do faturamento e do regime tributário. Quando há mais de um sócio, a estrutura indicada é a LTDA.

A legislação empresarial exige escrituração contábil regular para ME e EPP. Por isso, contar com um contador é obrigatório desde a abertura. Antes de iniciar o processo, vale organizar a documentação básica para agilizar os próximos passos.

Documentos necessários: checklist

• RG e CPF do médico, como sócio ou titular

• Comprovante de residência atualizado

• Número de inscrição no CRM

• Comprovante de endereço comercial da sede da empresa

• Certidão de casamento, se houver

• Contrato social ou ato constitutivo elaborado pelo contador

Visão geral do processo em 5 etapas

1. Definir CNAE, regime tributário e tipo societário

2. Registrar na Junta Comercial via REDESIM

3. Obter CNPJ na Receita Federal e inscrição municipal

4. Solicitar alvará de funcionamento

5. Registrar a pessoa jurídica no CRM, obtendo o CRM-PJ

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Passo a passo para abrir CNPJ como médico em 2026

Passo 1: definir CNAE, regime tributário e tipo societário

O CNAE mais comum para médicos que realizam consultas ambulatoriais é o de atividade médica ambulatorial restrita a consultas. Para consultórios com estrutura para exames complementares ou procedimentos cirúrgicos, existem códigos específicos. O contador define o CNAE correto conforme a atividade real.

O Simples Nacional é o regime tributário mais comum para médicos no início ou meio de carreira. Para quem fatura acima de R$ 30 mil por mês ou possui estrutura de clínica com sócios, o Lucro Presumido pode ser uma opção vantajosa, com carga que costuma variar entre 13% e 17%, dependendo do ISS municipal.

Depois de definir o regime tributário, o próximo passo é escolher o tipo societário. Para o médico que atua sozinho, a SLU é o tipo societário recomendado, porque protege o patrimônio pessoal e não exige sócio. Quando há mais de um profissional na sociedade, a escolha tende a ser uma LTDA.

Passo 2: registrar na Junta Comercial via REDESIM

O REDESIM, Rede Nacional para a Simplificação do Registro e da Legalização de Empresas e Negócios, integra os órgãos envolvidos na abertura de empresa em um fluxo digital único. O contador acessa o portal, preenche o contrato social da SLU e protocola o registro na Junta Comercial do estado.

Após a aprovação, a Receita Federal emite o CNPJ de forma automática. O prazo médio para abertura de CNPJ via REDESIM é de cerca de 2 dias, podendo ser inferior a 1 dia em muitos casos.

Erro comum: enviar o contrato social com objeto social genérico. O objeto precisa descrever com precisão as atividades médicas que serão exercidas, alinhadas ao CNAE escolhido.

Passo 3: obter inscrição municipal e habilitar emissão de NFS-e

Com o CNPJ em mãos, o próximo passo é obter a inscrição municipal na prefeitura da cidade onde o médico atenderá. Essa etapa habilita a empresa a emitir Nota Fiscal de Serviços Eletrônica, NFS-e, documento obrigatório para receber pagamentos de clínicas, hospitais e operadoras.

Erro comum: começar a atender e emitir recibos no CPF após a abertura do CNPJ. Toda receita deve ser faturada pela pessoa jurídica desde o primeiro dia de atividade.

Passo 4: solicitar alvará de funcionamento

O alvará de funcionamento é emitido pela prefeitura e comprova que o local de atendimento está regularizado. Para consultórios de baixo risco sanitário, muitos municípios emitem o alvará de forma simplificada ou automática via REDESIM.

Com a Agilize Contabilidade, os honorários de abertura são isentos mediante contratação do plano anual, e você paga apenas as taxas públicas obrigatórias.

Passo 5: registrar a pessoa jurídica no CRM, obtendo o CRM-PJ

Toda empresa que presta serviços médicos privados deve se registrar no Conselho Regional de Medicina do estado onde opera, conforme as Leis nº 6.839/1980 e nº 9.656/1998 e a Resolução CFM nº 1.980/2011.

O processo ocorre pelo portal CRM Virtual. Os documentos exigidos variam por estado, mas geralmente incluem:

• Contrato social registrado na Junta Comercial

• Cartão CNPJ atualizado

• Alvará de funcionamento

• Licença da Vigilância Sanitária ou protocolo de solicitação

• Termo de responsabilidade técnica assinado pelo diretor técnico

Após o pagamento das taxas, o CRM analisa a documentação e emite a decisão em até 30 dias úteis a partir do cumprimento de todos os requisitos legais. Qualquer pendência reinicia o prazo.

O diretor técnico da empresa médica deve estar quite com a anuidade do CRM e pode acumular até dez responsabilidades técnicas em unidades de serviços médicos privados, respeitados os limites da Resolução CFM nº 2.467/2026.

Fator R: como funciona para médicos no Simples Nacional

O Fator R é o mecanismo que define em qual anexo do Simples Nacional a empresa médica será tributada a cada mês. O cálculo divide a folha de pagamento dos últimos 12 meses, incluindo pró-labore e encargos sociais, pela receita bruta do mesmo período.

Fator R	Anexo aplicável	Alíquota inicial
≥ 28%	Anexo III	6%
< 28%	Anexo V	15,5%

Para um médico com R$ 20.000 de receita mensal, atingir o Fator R de 28% exige R$ 5.600 em pró-labore mensal. Esse ajuste pode reduzir de forma relevante o valor do DAS. O Fator R é recalculado mensalmente. Ele não é uma opção de migração, mas um resultado automático da relação entre folha e faturamento.

Aumentar o pró-labore para atingir o Fator R também eleva a contribuição ao INSS e o IRPF pessoal. Por isso, a simulação completa do impacto líquido é essencial antes de qualquer ajuste, e o contador da Agilize Contabilidade faz esse cálculo de forma automática.

Como saber se o processo deu certo: checklist pós-abertura

• CNPJ ativo e sem pendências na Receita Federal

• Inscrição municipal ativa na prefeitura

• Alvará de funcionamento emitido

• NFS-e habilitada no sistema da prefeitura

• Registro da PJ aprovado pelo CRM do estado

• Certificado digital E-CNPJ A1 emitido

• Primeiro DAS gerado e pago no prazo

• Pró-labore definido e INSS recolhido via DCTFWeb

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FAQ

Médico pode ser MEI?

Não. A medicina é uma profissão regulamentada com registro obrigatório no CRM. Profissões vinculadas a conselhos de classe ficam fora do MEI por incompatibilidade com as regras do regime. O médico geralmente abre uma Microempresa, ME, com tipo societário SLU quando atua sozinho ou LTDA quando há sócios.

Qual o regime tributário mais indicado para médico PJ?

O Simples Nacional é o regime mais comum para médicos no início ou meio de carreira, especialmente quando o Fator R permite enquadramento no Anexo III, com alíquota inicial de 6%. Para faturamentos mais elevados ou estruturas com sócios e clínica, o Lucro Presumido pode ser uma opção vantajosa, com alíquotas que geralmente ficam na faixa de 13% a 17%, conforme o ISS municipal. A escolha correta depende de simulação feita pelo contador.

O que é o CRM-PJ e quando preciso fazer o registro?

O CRM-PJ é o registro da pessoa jurídica no Conselho Regional de Medicina do estado onde a empresa opera. Esse registro é obrigatório para toda empresa que presta serviços médicos privados, com base na legislação federal e em resolução do CFM. O pedido deve ser feito após a abertura do CNPJ, com o contrato social registrado na Junta Comercial, alvará de funcionamento e licença da Vigilância Sanitária em mãos. O prazo de análise varia conforme o estado.

Quanto custa abrir CNPJ para médico em 2026?

O custo total estimado varia conforme o município e o estado, incluindo taxas da Junta Comercial, certificado digital, alvará municipal e eventuais taxas do CRM. A Agilize Contabilidade isenta os honorários de abertura no plano anual, conforme explicado anteriormente, e você paga apenas as taxas públicas obrigatórias.

Qual é o prazo para abrir o CNPJ?

O CNPJ costuma sair em cerca de 2 dias via REDESIM, podendo ser liberado em menos de 1 dia em muitos casos, como mencionado anteriormente. Esse prazo varia conforme a prefeitura e o estado. O registro no CRM-PJ tem prazo adicional de análise que depende de cada conselho regional. A Agilize Contabilidade acompanha todas as etapas e mantém o médico informado sobre o andamento do processo.

Conclusão

Abrir CNPJ como médico em 2026 envolve etapas específicas, como escolher o CNAE e o tipo societário corretos, registrar a empresa via REDESIM, obter a inscrição municipal, solicitar o alvará de funcionamento, aderir ao Simples Nacional com monitoramento do Fator R e registrar a PJ no CRM. Cada etapa tem requisitos próprios, e erros em qualquer uma delas podem gerar atrasos, multas ou irregularidades.

A Agilize Contabilidade cuida de toda a burocracia contábil da abertura e da rotina mensal, do primeiro CNPJ ao cálculo automático do Fator R, passando pela emissão de guias, declarações e obrigações fiscais. Assim, você foca no que realmente importa: atender seus pacientes.

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