# Como emitir nota fiscal como médico PJ (ME ou EPP) em 2026

> Médico PJ no Simples Nacional: veja o passo a passo para emitir NFS-e sem erros. A Agilize Contabilidade cuida de tudo por você. Fale com a gente!

**Published:** 2026-08-25 | **Updated:** 2026-11-06 | **Author:** agilize
**URL:** https://agilize.com.br/artigos/emitir-nota-fiscal-medico-pj/
**Type:** post

**Categories:** Contabilidade para profissionais da saúde

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## Content

*Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize*

## Principais lições deste artigo

- Médicos PJ enquadrados como ME ou EPP no Simples Nacional têm obrigação de emitir NFS-e e não podem atuar com CNPJ como MEI.
- A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP do Simples Nacional passam a emitir NFS-e exclusivamente pelo Emissor Nacional.
- Informar a alíquota efetiva de ISS e declarar a condição de optante do Simples Nacional reduz o risco de retenções indevidas de ISS e IRRF.
- Preencher corretamente os dados do tomador, guardar o XML e registrar as notas na DMED diminui a chance de glosas e multas.
- Para simplificar essa rotina, conte com a Agilize Contabilidade: [fale com um especialista agora](https://agilize.com.br/contato/?utm_term=emitir-nota-fiscal-medico-pj&utm_campaign=ai_growth_agent).

## Pré-requisitos para emitir NFS-e

Emitir NFS-e como médico PJ exige alguns cadastros e acessos básicos.

- CNPJ ativo como ME ou EPP no Simples Nacional
- Inscrição Municipal (CCM) ativa na prefeitura do município do prestador
- Certificado digital e-CNPJ A1 ou A3 para acesso ao Emissor Nacional da NFS-e
- Senha de acesso ao Portal do Contribuinte ou ao Emissor Web Nacional
- Dados completos do tomador: razão social, CNPJ ou CPF, endereço e e-mail
- CNAE correto da atividade médica cadastrado no CNPJ

Com esses itens prontos, o fluxo de emissão segue as etapas abaixo.

## Passo a passo para emitir NFS-e

### Passo 1 – Acessar o Emissor Nacional da NFS-e

O primeiro passo é acessar o [Portal do Contribuinte da NFS-e Nacional](https://www.nfse.gov.br) e fazer login com o certificado digital e-CNPJ ou com usuário e senha cadastrados. A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP do Simples Nacional passam a emitir exclusivamente pelo Emissor Nacional, pela aplicação web ou por integração via API.

### Passo 2 – Conferir os dados do prestador

O segundo passo é conferir se os dados do prestador estão corretos: razão social, CNPJ, endereço do estabelecimento e regime tributário como Simples Nacional. O sistema costuma identificar automaticamente esse enquadramento.

**Dica prática:** se o sistema não reconhecer o CNPJ como optante do Simples Nacional, consulte a situação no Portal do Simples Nacional antes de continuar. Dados desatualizados aumentam o risco de retenções indevidas.

**Erro comum:** informar o endereço residencial no lugar do endereço do estabelecimento prestador. O município do prestador define a competência do ISS na maior parte dos serviços médicos.

### Passo 3 – Informar os dados do tomador

O terceiro passo é preencher CNPJ ou CPF, razão social ou nome completo, endereço e e-mail do tomador, que pode ser hospital, convênio ou paciente. Dados incorretos do tomador representam a principal causa de glosas em convênios médicos.

### Passo 4 – Descrever o serviço e informar o valor

O quarto passo é descrever o serviço prestado com clareza, por exemplo, consulta médica ou procedimento ambulatorial, e informar o valor bruto. Incluir o número do contrato ou da guia do convênio, quando existir, facilita a conciliação e reduz glosas.

**Dica prática:** declarar na NFS-e ou em documento anexo que a empresa é optante do Simples Nacional reduz o risco de retenção indevida. [Sem essa declaração, o tomador pode reter IRRF de 1,5%](https://desenvolvecursos.com/blog/guia-completo-de-retencoes-de-impostos-na-prestacao-de-servicos), mesmo quando existe dispensa dessa retenção para optantes do Simples Nacional.

**Erro comum:** deixar de informar a alíquota efetiva de ISS. Quando o prestador do Simples Nacional não informa a alíquota efetiva de ISS na NFS-e, o tomador é obrigado a reter aplicando a alíquota máxima de 5%, o que gera prejuízo financeiro imediato.

### Passo 5 – Configurar as retenções corretamente

O quinto passo é configurar as retenções, que costuma ser o ponto mais sensível para médicos PJ no Simples Nacional. Cada tributo segue uma lógica própria, e entender os três reduz o risco de retenções indevidas.

![Controle seus impostos com a Agilize: acompanhe DAS, INSS, IRRF, vencimentos, pendências fiscais e comprovantes de pagamento em um só lugar.](https://cdn.aigrowthmarketer.co/1766525841212-e5b8f2be03db.png)**Painel de impostos da Agilize com DAS, INSS, IRRF e status de pagamento.**

- **IRRF:** [empresas optantes pelo Simples Nacional não sofrem retenção de IRRF de 1,5% nem de CSRF de 4,65% quando enviam declaração ao tomador do serviço](https://precisao.neositecontabil.com.br/boletim/simples-nacional-%E2%80%93-orientacoes-retencoes-csrf-irrf-iss-e-inss-560?filtro=&month=11&uf=SP&year=2029), pois esses tributos já compõem o DAS. Essa dispensa só se aplica se a empresa declarar a condição de optante na nota ou em documento separado.
- **ISS:** [o ISS pode ser retido pelo tomador conforme a legislação municipal](https://franquiatech.com/blog/retencao-de-impostos-nota-fiscal-servico-2026-iss-irrf-inss-csrf), mesmo para optantes do Simples Nacional. Diferentemente do IRRF, a retenção de ISS é comum em serviços médicos. Informar a alíquota efetiva de ISS calculada pelo PGDAS-D evita retenção pela alíquota máxima de 5%.
- **INSS:** [a retenção de INSS pode ocorrer em situações específicas de cessão de mão de obra ou empreitada](https://franquiatech.com/blog/retencao-de-impostos-nota-fiscal-servico-2026-iss-irrf-inss-csrf). Por fim, vale consultar o contador para verificar se a atividade se enquadra nessas hipóteses.

### Passo 6 – Transmitir a nota e guardar o comprovante

O sexto passo é revisar todos os campos, transmitir a NFS-e e salvar o XML e o DANFSe, que é o documento auxiliar. Enviar a nota ao tomador logo após a autorização agiliza o recebimento. Manter os arquivos organizados por competência facilita o preenchimento da DMED e o atendimento a eventuais auditorias.

![Consulte notas fiscais emitidas na Agilize, com detalhes de valores, impostos, clientes e status de emissão, tudo integrado à sua contabilidade.](https://cdn.aigrowthmarketer.co/1766525890031-bf28d6f209a7.png)**Tela de consulta de notas fiscais da Agilize com valores, impostos e status de emissão.**

**Solução de problemas:** quando a nota é rejeitada, o primeiro ponto a conferir é o código do serviço conforme a lista municipal e a situação cadastral do CNPJ do tomador. Erros nesses campos representam as causas mais frequentes de rejeição no Emissor Nacional.

## Como saber se deu certo?

A emissão atinge o objetivo quando alguns sinais aparecem de forma consistente.

- A NFS-e recebe número de série e aparece com status “autorizada” no sistema
- O tomador não registra glosa por dados incorretos ou falta de informações obrigatórias
- As retenções aplicadas seguem a legislação municipal e federal vigente
- O valor recebido de pessoas físicas fica registrado para alimentar a DMED até o último dia útil de fevereiro do ano seguinte
- O XML da nota permanece arquivado e disponível para importação no sistema contábil

[Confirme se sua emissão está correta com a Agilize Contabilidade](https://agilize.com.br/contato/?utm_term=emitir-nota-fiscal-medico-pj&utm_campaign=ai_growth_agent).

## Dicas avançadas para médicos PJ

Além do processo básico de emissão, três pontos merecem atenção especial: variações municipais, integração com o sistema contábil e impacto do CNAE e do Fator R na tributação.

### Variações por município

Cada prefeitura define regras próprias de retenção de ISS, código de serviço e campos obrigatórios. O que vale em São Paulo pode ser diferente no Rio de Janeiro ou em Belo Horizonte. [A padronização nacional da NFS-e mantém a competência municipal sobre o ISSQN](https://crc-ce.org.br/2026/05/nota-tecnica-sobre-a-resolucao-cgsn-no-189-2026-e-a-obrigatoriedade-da-nfs-e-de-padrao-nacional-para-optantes-do-simples-nacional), e os municípios continuam definindo alíquotas, benefícios locais e retenções complementares.

### Importação de NFS-e no sistema contábil

A integração da emissão com a contabilidade reduz retrabalho e erros de digitação. A Agilize Contabilidade oferece importação de notas fiscais diretamente na plataforma, o que elimina o lançamento manual. Esse processo garante que cada nota emitida seja conciliada automaticamente com o faturamento declarado no Simples Nacional.

![Veja como funciona o painel de controle da Agilize: um dashboard completo para acompanhar finanças, notas fiscais, impostos e pendências da sua empresa em tempo real.](https://cdn.aigrowthmarketer.co/1766524037565-4c7ac450a179.png)**Painel de controle da Agilize com visão geral financeira, notas fiscais, pendências e atalhos contábeis.**

### CNAE e Fator R

O CNAE correto da atividade médica define em qual [anexo do Simples Nacional](http://agilize.com.br/blog/gestao-contabil-e-fiscal/anexos-do-simples-nacional/?utm_term=emitir-nota-fiscal-medico-pj&utm_campaign=ai_growth_agent) a empresa será tributada. Médicos no Simples Nacional são tributados pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6%, quando o Fator R é igual ou superior a 28%, ou pelo Anexo V, com alíquota inicial de 15,5%, quando o Fator R é inferior a 28%. O [Fator R](https://agilize.com.br/blog/gestao-contabil-e-fiscal/fator-r/?utm_term=emitir-nota-fiscal-medico-pj&utm_campaign=ai_growth_agent) é calculado mensalmente como a razão entre a folha de pagamento e a receita bruta dos últimos 12 meses. A Agilize Contabilidade realiza esse cálculo de forma automática para aplicar a alíquota correta.

### Prazo da NFS-e Nacional: 1º de novembro de 2026

[A Resolução CGSN nº 191, de 4 de agosto de 2026, tornou obrigatória a emissão da NFS-e de padrão nacional pelas ME e EPP optantes pelo Simples Nacional a partir de 1º de novembro de 2026](https://gov.br/receitafederal/pt-br/assuntos/noticias/2026/agosto/simples-nacional-nfs-e-nacional-sera-obrigatoria-para-me-e-epp-a-partir-de-1o-de-novembro-de-2026). Até 31 de dezembro de 2026, as regras de CBS e IBS ainda não se aplicam a essas empresas, e a mudança recai apenas sobre a obrigatoriedade de emissão pelo Emissor Nacional. A partir de 1º de janeiro de 2027, passam a valer as disposições relativas à CBS e ao IBS para optantes do Simples Nacional.

## Perguntas frequentes sobre emissão de NFS-e para médicos PJ

### Médico pode ser MEI?

Não. Medicina é profissão regulamentada que exige formação superior e registro no CRM. Por isso, médicos que atuam como pessoa jurídica precisam se enquadrar como ME ou EPP e manter contabilidade regular.

### O que é a DMED e quando preciso entregá-la?

A DMED é a declaração anual enviada à Receita Federal com os pagamentos recebidos por prestadoras de serviços de saúde. [O prazo costuma ser definido em ato normativo, como 27 de fevereiro de 2026 para a DMED 2026](https://www.gov.br/receitafederal/pt-br/assuntos/noticias/2025/dezembro/programa-gerador-da-dmed-2026-disponivel-para-download). A transmissão exige certificado digital e-CNPJ. O atraso ou a omissão na entrega da DMED pode gerar multa de R$ 5.000,00 por mês-calendário ou fração para pessoas jurídicas. Cada NFS-e emitida para paciente particular precisa ser registrada para compor a DMED corretamente.

### Como funciona a retenção de ISS para médico PJ no Simples Nacional?

O ISS pode ser retido pelo tomador, como hospital, convênio ou outra pessoa jurídica, mesmo quando o prestador é optante do Simples Nacional, conforme a legislação do município onde o serviço é prestado. A chave está em informar na NFS-e a alíquota efetiva de ISS calculada pelo PGDAS-D com base na receita bruta acumulada. Caso essa informação não conste na nota, o tomador tende a aplicar o teto de 5%, como detalhado no passo 5.

### Preciso reter IRRF na NFS-e como médico PJ no Simples Nacional?

Não. Como optante do Simples Nacional, a empresa fica dispensada da retenção de IRRF de 1,5% e de CSRF de 4,65%, pois esses tributos já compõem o DAS. Para garantir a dispensa, vale declarar a condição de optante na NFS-e ou em documento separado, seguindo a orientação explicada no passo 5.

### O que muda com a NFS-e Nacional obrigatória a partir de novembro de 2026?

A partir de 1º de novembro de 2026, ME e EPP optantes pelo Simples Nacional passam a emitir NFS-e exclusivamente pelo Emissor Nacional, via aplicação web ou integração por API. Entre novembro e dezembro de 2026, apenas o emissor muda, e as regras tributárias do Simples Nacional permanecem. A partir de janeiro de 2027, entram em vigor as regras de CBS e IBS para esses contribuintes, como detalhado na seção sobre o prazo da NFS-e Nacional.

## Conclusão: simplificar a contabilidade para focar na prática médica

Emitir NFS-e corretamente como médico PJ no Simples Nacional exige atenção a pontos específicos: acesso ao Emissor Nacional, dados corretos do tomador, alíquota efetiva de ISS, declaração de optante do Simples Nacional para evitar retenções indevidas e registro adequado para a DMED. Com a obrigatoriedade do padrão nacional a partir de 1º de novembro de 2026, organizar essa rotina agora evita ajustes de última hora.

A Agilize Contabilidade assume a rotina contábil da empresa, com emissão e importação de notas fiscais, apuração de impostos, cálculo automático do Fator R, cumprimento de obrigações acessórias e outras tarefas do dia a dia. Dessa forma, você direciona o tempo para os pacientes e para o crescimento da prática médica.

[Deixe a rotina contábil com quem entende: fale com a Agilize Contabilidade](https://agilize.com.br/contato/?utm_term=emitir-nota-fiscal-medico-pj&utm_campaign=ai_growth_agent).

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    - **Description:** Rafael Caribé é CEO da Agilize Contabilidade Online, empresa que cofundou para simplificar a contabilidade de empreendedores e empresas no Brasil. Formado em Ciência da Computação pela Universidade Federal da Bahia, reúne experiência em tecnologia, liderança e desenvolvimento de negócios para aproximar inovação, gestão e serviços contábeis.
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- [Contabilidade para médicos: guia com planos modulares](https://agilize.com.br/artigos/contabilidade-para-medicos-planos-modulares/)
- [Contabilidade para médicos no Reclame Aqui: o guia completo](https://agilize.com.br/artigos/melhor-contabilidade-medicos-reclame-aqui/)
- [Contabilidade para psicólogo: o que o Reclame Aqui revela](https://agilize.com.br/artigos/contabilidade-para-psicologo-reclame-aqui/)
- [Contabilidade para fonoaudiólogo: guia completo para 2026](https://agilize.com.br/artigos/contabilidade-para-fonoaudiologo/)
- [Psicólogo que atende plano e particular: guia contábil](https://agilize.com.br/artigos/contabilidade-psicologo-plano-e-particular/)

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